Можно дт: Можно ли сделать то, что сделать невозможно? — Блоги — Эхо Москвы, 07.05.2021

Содержание

Можно ли беременным женщинам вакцинироваться от ковида? | События в мире - оценки и прогнозы из Германии и Европы | DW

35-летняя Аня В. находится на 25-й неделе беременности. В целом она не против пройти вакцинацию против ковида, если бы на этот счет были четкие рекомендации.

По специальности Аня врач, так что она хорошо знает, о чем идет речь: "Если бы Общество гинекологии и Постоянная комиссия по вакцинации (STIKO) дали четкие рекомендации по вакцинации беременных женщин, риск прививки для беременных был бы ниже, чем опасность заражения атипичной пневмонией SARS-CoV-2, я бы вакцинировалась. Я очень внимательно слежу за тем, что происходит в других странах. В США беременным делают прививки от ковида уже несколько месяцев".

И действительно, не только в США, но и в некоторых других странах, в частности Великобритании, Израиле и Бельгии, пришли к выводу, что беременным женщинам вакцинация от коронавируса не только не навредит, а, напротив, - она необходима. Однако в Германии (STIKO) еще не дали общей рекомендации по вакцинации для беременных женщин и кормящих матерей.

RKI колеблется из-за отсутствия данных

В апреле комиссия по вакцинации при Институте имени Роберта Коха (RKI) выступила против массовой вакцинации будущих матерей. "Только беременным женщинам с сопутствующими заболеваниями и связанным с ними высоким риском тяжелого течения ковида в отдельных случаях может быть предложена вакцинация - после взвешивания всех "за" и "против" и после подробного информирования", - было сказано в заключении STIKO. Поэтому вакцинация беременных в Германии до сих пор проводится только в исключительных случаях и на свой страх и риск самих женщин.

В некоторых странах от коронавируса вакцинируют всех беременных женщин

По данным комиссии во вакцинации, для составления общей рекомендации пока еще не хватает исчерпывающих данных, ведь беременные редко участвуют в клинических исследованиях. В принципе STIKO не возражает против прививок против ковида беременным женщинам или кормящим матерям, но рекомендовать массовую вакцинацию этой группы она не может. Но эти расплывчатые заявления вселяют неуверенность в будущих матерей.

Гинекологи - за немедленную вакцинацию беременных

Именно поэтому немецкие реаниматологи и гинекологи в последнее время решили усилить давление. Ведь беременность повышает риск тяжелого течения COVID-19 и, кроме того, к настоящему времени собрано достаточно достоверных данных о безопасности мРНК-вакцин, говорится в заявлении группы, в которую входят 11 профессиональных ассоциаций врачей-гинекологов и реаниматологов.

Многие гинекологи выступают за немедленную вакцинацию беременных женщин

Того же мнения придерживается и Штефан Клюге (Stefan Kluge), заведующий университетской клиникой Гамбург-Эппендорф. В последнее время в отделениях интенсивной терапии оказывается все больше беременных женщин, больных ковидом, говорит врач. Лишь за последние две недели в реанимационном отделении его клиники оказались пять таких пациенток. "Эти случаи особенно драматичны. Мы должны обязательно вакцинировать беременных женщин", - уверен Клюге.

Риск тяжелого течения ковида при беременности возрастает

К выводу, что беременные действительно относятся к группе повышенного риска, ученые пришли еще в сентябре прошлого года. В специализированном британском медицинском журнале The BMJ был опубликован большой материал, обобщивший результаты более 190 исследований на эту тему. Участие в них приняли почти 68 тысяч женщин.

Выводы не оставляют сомнений: коронавирусная инфекция протекает у беременных женщин бессимптомно в пять раз чаще. Но у них вдвое выше риск, что после заражения коронавирусом будущим матерям может потребоваться лечение в отделении интенсивной терапии  с применением аппаратов ИВЛ.

Беременность - один из факторов риска для развития тяжелых форм ковида

Риск летального исхода тоже не исключен и составляет два случая на 10 тысяч. С 35 лет опасность смерти увеличивается, а наличие таких факторов, как лишний вес или сопутствующие заболевания, к примеру диабет, повышает ее. В целом беременные подвержены той же степени риска, что и люди в возрасте от 70 до 84 лет.

Если беременных женщин относят к группе высокого риска, их защита должна стать главным приоритетом, считает Аня В. Она еще не ушла в декретный отпуск и поэтому, как работающий врач, подвержена особой опасности: "Я волнуюсь за свою нынешнюю беременность куда больше, чем за предыдущую, - признается Аня. - Я работаю в больнице, и делаю все от меня зависящее, чтобы не заразиться коронавирусом. Но риск все равно есть". Четкие рекомендации Общества гинекологии и Института имени Роберта Коха, как защититься от вируса работающим беременным женщинам, были бы очень полезны, добавляет Аня.

Вакцинация только мРНК-вакцинами

Однако не все вакцины подходят для беременных. Их рекомендуется прививать только вакцинами на основе мРНК, иными словами, препаратами производства BioNTech/Pfizer и Moderna.

Предпочтение отдается мРНК-вакцинам

Аня В. также отдает предпочтение мРНК-вакцинам: "При беременности и без того повышается риск тромбоза из-за гормональных изменений. Я бы хотела свести к минимуму опасность возникновения тромбоза венозных синусов, поэтому привилась бы только вакциной на основе мРНК", - говорит женщина.

Сложный выбор между риском и пользой

Но до сих пор у многих беременных, которые хотели бы привиться от коронавируса, нет такой  возможности: врачи пытаются минимизировать любые риски вакцинации.

С другой стороны, что бы ни перевешивало - страх перед вероятностью тяжелых последствий ковида или опасения по поводу последствий вакцинации  для матери и ребенка - решение в любом случае остается за беременными.

Аня В. надеется, что общие рекомендации по вакцинации для беременных скоро появятся. "Но, возможно, к тому времени мой второй ребенок уже родится", - улыбается она.

Смотрите также:

  • Какими вакцинами человечество прививается от коронавируса

    BioNTech/Pfizer: начало мРНК-революции

    Первой вакциной от COVID-19, разрешенной к применению в США и ЕС, стала разработка немецких ученых с турецкими корнями Угура Шахина и его жены Озлем Тюречи. Их фирма BioNTech из Майнца заключила альянс с американским гигантом Pfizer, и вакцину стали называть "пфайзеровской". В 2021 году будут выпущены 2 млрд доз. СМИ заговорили о "революции" в фармацевтике, поскольку впервые создана мРНК-вакцина.

  • Какими вакцинами человечество прививается от коронавируса

    Moderna: родом из университета Гарварда

    На РНК-технологиях, считающихся новым словом в медицине, специализируется и американская биотехнологическая компания Moderna. Ее штаб-квартира находится в Кембридже, штат Массачусетс, вблизи Гарвардского университета, ученые которого и учредили эту фирму в 2010 году. Вакцина Moderna, созданная при финансовой поддержке властей, стала второй, зарегистрированной в США и ЕС на рубеже 2020-21 годов.

  • Какими вакцинами человечество прививается от коронавируса

    У AstraZeneca - "оксфордская вакцина"

    Ученые Оксфордского университета заключили для клинических испытаний и производства своей вакцины альянс с британо-шведской компанией AstraZeneca. Она в значительной мере обеспечивает вакцинацию жителей Великобритании, выполняет крупный заказ ЕС и активно работает с развивающимися странами, ведь у "оксфордской вакцины" - очень низкая цена. Так, в Индии ее выпускают для местного рынка и на экспорт.

  • Какими вакцинами человечество прививается от коронавируса

    "Спутник V": самая первая регистрация

    В августе 2020 года Россия объявила, что первой в мире зарегистрировала вакцину от коронавируса, названную "Спутник V". Массовая вакцинация российского населения официально началась в январе 2021 года. На зарубежные рынки эту векторную вакцину, разработанную учеными московского Центра Гамалеи, продвигает Российский фонд прямых инвестиций (РФПИ). На снимке: прибытие первой партии в Боливию.

  • Какими вакцинами человечество прививается от коронавируса

    Sinovac: тихий конкурент из Китая

    Без лишнего шума и подробных отчетов о результатах клинических испытаний Китай разработал как минимум три вакцины. Одну из них, созданную на основе инактивированного (убитого) коронавируса, компания Sinovac Biotech тестировала в нескольких странах Азии, в том числе в Индонезии, которая ее затем закупила. Чтобы подать пример соотечественникам, президент страны Джоко Видодо привился первым.

  • Какими вакцинами человечество прививается от коронавируса

    CureVac: принтер для вакцин от Tesla

    Вторую немецкую мРНК-вакцину, регистрация которой ожидается к лету, компания CureVac из Тюбингена будет производить и глобально экспортировать в союзе с концерном Bayer. Но ее можно будет изготавливать и прямо в клиниках повсюду в мире. Образец мобильного принтера, созданного немецкой дочерней фирмой Tesla Grohmann, Илон Маск (в центре) демонстрировал в сентябре 2020 года депутатам бундестага.

  • Какими вакцинами человечество прививается от коронавируса

    Sanofi: две неудачи и помощь Евросоюзу

    Французская фармацевтическая компания Sanofi - один из крупнейших в мире производителей вакцин. Но на сей раз она дважды потерпела неудачу: ни совместная разработка с британской GlaxoSmithKline, ни попытка создать мРНК-вакцину пока не дали желаемого результата. Чтобы помочь обеспечить страны ЕС, ее завод во Франкфурте-на-Майне (на снимке) выпустит летом 125 млн доз вакцины BioNTech/Pfizer.

  • Какими вакцинами человечество прививается от коронавируса

    Johnson&Johnson: достаточно одной дозы

    Одним из шести производителей вакцин от коронавируса, с которыми ЕС заключил предварительные договоры о поставках, стала американская корпорация Johnson&Johnson. Ее векторная вакцина предполагает только одну прививку, а не две, и хранится в обычных холодильниках. Для ЕС вакцину, зарегистрированную 11 марта 2021 года, выпускать будет бельгийская дочерняя фирма корпорации - Janssen.

    Автор: Андрей Гурков


Можно ли дать взятку судье в Красноярске? | НГС24

— Суды наши иногда действительно выносят странные решения. Живучестью «Кантри» возмущены все. Я тоже считаю, что там нужно оспаривать и доказывать. Почему суд пришел к такому убеждению, его заинтересовали или надавили, я не знаю, — рассуждает Глисков.

По мнению человека, прожившего на проспекте Мира по соседству с кафе «Кантри» всё детство и юность — 19 лет, двухэтажка среди старых сталинских построек выглядит жутковато.

— Поскольку я не видел никаких документов, дать правовую оценку как юрист не могу. Но то, что мы слышим из СМИ, позволяет делать выводы об абсурдности ситуации. Было какое-то неустановленное лицо, которое выдало разрешение на строительство, потом я узнаю в неформальной беседе, что это здание построено на фундаменте павильона и что это не строительство, а реконструкция. Информация идет противоречивая, поэтому выводы о том, была ли это коррупция или чья-то оплошность, или халатность, делать не могу.

Вообще, ситуация возмутительная — на тротуаре проспекта Мира появляется павильон, мы пообсуждали, повозмущались, но ведь это временное строение, так и успокоились, а тут появляется двухэтажная постройка, которая перегораживает красивое здание Управления почтовой связи. По такому принципу любой может воткнуть двухэтажное здание перед правительством Красноярского края, там тоже широкий тротуар, у администрации города тоже площадь широкая, войдет. Я искренне переживаю за место, где прошло мое детство, оно мне дорого, — переживает общественник и юрист Владимир Беляев.

Второй пример спорного решения красноярского суда — совершенно обратная ситуация в Покровке. Там Центральный районный суд без обиняков принял решение снести многоквартирный трехэтажный дом, несмотря на то, что у жителей есть все необходимые документы. Они брали свои гостинки в ипотеку, банки тщательно всё проверяли. Более того, сам же Центральный райсуд в 2012 году признал дом законным. Тем не менее жильцы дома на Гагарина, 64 обязаны съехать в течение трех месяцев и снести постройку за собственные средства — они станут настоящими божами с ипотеками за квартиру.

Можно ли на кладбище в Краснодарском крае 2021 в Радоницу

Под запрет попали поминальные обеды у могил

Фото: Юлия БАРАНОВА

Режим повышенной готовности на Кубани продлен до 12 мая. 11 мая всем муниципалитетам региона было рекомендовано ограничить посещение кладбищ жителями, за исключением случаев погребения. Это позволило бы избежать массового скопления людей, которые на Радоницу традиционно собираются на поминки. «КП» – Кубань» выяснила, можно ли на кладбище в Краснодарском крае 2021 в Радоницу

5 мая стало известно, что посещение кладбищ на длинных выходных на Кубани допустимо с учетом определённых правил, которые необходимо соблюдать в условиях пандемии коронавирусной инфекции. Теперь понятно, можно ли на кладбище в Краснодарском крае 2021 в Радоницу.

Какие меры необходимо предпринимать, чтобы не заболеть COVID-19? Как обезопасить себя и своих близких? На эти вопросы подробно ответил Роспотребнадзор. Специалисты подготовили памятку с условиями посещения кладбищ и ответили на главный вопрос: можно ли на кладбище в Краснодарском крае 2021 в Радоницу.

- Рекомендовано носить маски и посещать кладбища с родственниками, с которыми вы живете вместе, - сообщили «Комсомольской правде» - Кубань» в оперативном штабе Краснодарского края.

Правда, под запрет попали поминальные обеды у могил и сбор на кладбище большими группами.

Напомним, что Радоница в этом году приходится на 11 мая. В народе эта дата называется Родительским днем, - традиционный для православных праздник поминовения усопших. Считается, что души усопших на Пасхальной неделе находятся в родных семьях. А на 9-й день после светлого праздника наступают Проводы. 11 мая объявлен в регионе выходным днем, чтобы у жителей была возможность помянуть умерших родственников.

Ранее «Комсомольская правда» - Кубань» писала, что в Краснодаре закроют кладбища 2 и 11 мая. Жителям рекомендовали помянуть родственников дома в кругу близких. Первым в регионе запрет на посещение кладбищ в Радоницу сняли в Крымском районе. Ранее он был введен в муниципалитете из-за угрозы распространения коронавируса.

Думаете привиться от коронавируса? Вот что вам нужно знать

  • Николай Воронин
  • Корреспондент по вопросам науки

Русская служба Би-би-си отвечает на самые важные вопросы по поводу вакцинации от коронавирусной инфекции, которые чаще всего задают в поисковиках:

Зачем вообще прививаться?

Прививка - самый надежный способ защитить себя и своих близких от тяжелого течения Covid-19. Учитывая динамику распространения коронавируса, рано или поздно инфекцию подхватит каждый, так что лучше заранее подготовить к ней свой организм и обеспечить себе иммунную защиту - хотя бы частично (об этом ниже).

Известно, что коронавирус особенно опасен для людей, уже имеющих какое-либо хроническое заболевание: у них может начаться аутоиммунная реакция (когда вместо чужеродного вируса организм начинает атаковать собственные здоровые клетки) высок риск развития осложнений.

Поэтому особенно настойчиво рекомендуют как можно скорее привиться тем, у кого есть проблемы с легкими или бронхами, сердечно-сосудистые заболевания и диабет - однако предварительно нужно в обязательном порядке проконсультироваться с врачом.

Вопреки расхожему мнению, заболеть от укола вакцины нельзя: в ней нет вирусных частиц, способных к размножению. В зависимости от типа препарата там содержится либо инактивированный вирус (самая традиционная технология прививки), либо фрагмент его генетического кода (векторные вакцины), либо искусственно созданные белки (пептидные).

В любом случае они не в состоянии проникнуть внутрь клеток и спровоцировать развитие инфекции. Люди, утверждающие, что заболели в результате прививки, могли заразиться в процессе вакцинации (в транспорте по дороге, в очереди на укол и.т.п.), но не в результате введения вакцины.

Не нужно забывать, что даже здоровые люди, переболевшие Covid-19, могут переносить и распространять вирус. Поэтому меры предосторожности - прежде всего ношение маски и дистанцирование - нужно соблюдать не только до и во время, но и после прививки.

Автор фото, Reuters

Можно ли мне прививаться? Какие есть противопоказания?

Как и у любого другого медикамента, у коронавирусных вакцин есть список противопоказаний, при которых введение препарата может принести больше вреда, чем пользы.

У каждой конкретной вакцины этот список свой, однако ни одна из них не рассчитана на несовершеннолетних (хотя Pfizer можно колоть подросткам старше 16 лет), а также беременных и кормящих женщин или людей, склонных к сильным аллергическим реакциям.

Кроме того, возможна индивидуальная непереносимость компонентов конкретной вакцины - однако такое бывает крайне редко. В таких случаях вам порекомендуют другой препарат.

Если вы находитесь в России, скорее всего вам предложат укол "Спутника V", который разработчики называют "первой зарегистрированной вакциной от коронавируса в мире".

В инструкции к препарату сказано, что его "с осторожностью можно применять при хронических заболеваниях печени и почек, сахарном диабете, тяжелых заболеваниях системы кроветворения, эпилепсии, инсультах и других заболеваниях ЦНС, инфарктах миокарда в анамнезе, ИШМ, первичных и вторичных иммунодефицитах, аутоиммунных заболеваниях, заболеваниях легких, астме и ХОБЛ (хронической обструктивной болезни легких)".

Почему вакцинируют только взрослых, а детей при этом не прививают?

Короткий ответ: потому что ни одну вакцину на них не испытывали.

Пандемия нового коронавируса застала мир врасплох, так что все препараты для вакцинации разрабатывали и тестировали в экстренном, ускоренном режиме. Чтобы как можно скорее начать вакцинацию, разработчикам пришлось сильно рискнуть и максимально "срезать углы" жесточайших требований.

Некоторые из них запустили препарат в массовое производство еще даже до того, как были получены первые результаты клинических испытаний с участием людей. Зато в итоге путь от подбора опытных лабораторных образцов до начала вакцинации, на который в обычных условиях может уйти не одно десятилетие, был проделан менее чем за год.

Поскольку дети намного легче переносят инфекцию и значительно меньше подвержены серьезному риску в случае заражения (а привлечение несовершеннолетних в качестве волонтеров требует значительно больших усилий), изначально в клинические испытания их включать не стали.

Ровно по той же причине прививки, одобренные для вакцинации взрослых, поначалу не делали людям старше 60 или 65 лет. В первой группе участников клинических испытаний не было (или было недостаточно) волонтеров из этой возрастной группы, поэтому разработчики не могли сделать выводы о том, насколько эффективной и безопасной окажется для них прививка.

У пожилых людей Covid-19 значительно чаще протекает в тяжелой форме, поэтому их к исследованиям подключили сразу после того, как их провели среди более здоровых и молодых взрослых. А недавно три уже одобренные коронавирусные вакцины начали испытывать и на несовершеннолетних.

Глава компании Pfizer (ее препарат был экстренно одобрен ВОЗ еще 31 декабря 2020 года), утверждает, что первая вакцина для подростков 12-16 лет будет зарегистрирована уже осенью, а для детей еще более младшего возраста - к концу года.

Автор фото, EPA

Насколько безопасно тогда прививаться взрослым?

Настолько, насколько только ученые могут быть уверены в безопасности вакцины.

С одной стороны, третья, решающая фаза клинических испытаний ни одной вакцины еще полностью не завершена - даже среди взрослых. Все объявленные результаты, в том числе и данные об эффективности того или иного препарата, - предварительные.

С другой, нет более надежных доказательств безопасности того или иного препарата, чем активно ведущаяся по всему миру массовая вакцинация.

В общей сложности хотя бы одну дозу вакцины получили уже почти 500 млн человек, так что у ученых нет сомнений, что ни один из широко применяющихся для вакцинации препаратов угрозы не представляет.

К ним относятся Covishield (AstraZeneka), Janssen (Johnson&Johnson), Moderna, Comirnaty (Pfizer/BioNTech), две китайские вакцины (BBIBP-CorV и CoronaVac) и российский "Спутник V". Впрочем, ВОЗ пока официально одобрила только первые четыре из них.

Вероятность возникновения серьезных побочных явлений, которые могут представлять угрозу здоровью или даже жизни (вроде внезапного тромбоза), нельзя исключить полностью. Однако они настолько индивидуальны, что предсказать их невозможно, и настолько редки (см. ниже), что преимущества вакцинации сильно перевешивают потенциальные риски.

Что нужно учесть перед вакцинацией? Есть ли какие-то ограничения?

Есть, но - если не считать противопоказаний (см. выше) - их сравнительно немного.

Прививку не рекомендуется делать людям, у которых есть любые хронические заболевания. находящиеся в стадии обострения (включая онкобольных), или любая другая острая инфекция в активной форме (повышенная температура - достаточный, но не обязательный признак наличия в организме воспаления).

Прием некоторых гормональных препаратов снижает эффективность вакцинации, но не препятствует ей.

Если накануне или за пару дней до дня вакцинации вы почувствовали себя неважно - по любой причине, - прививку лучше отложить.

В случае обострения хронических заболеваний вакцинироваться рекомендуют не раньше чем через две недели после выздоровления или ремиссии. Если есть возможность, лучше выждать месяц. А еще лучше проконсультироваться по этому поводу с лечащим врачом.

Если же речь идет о перенесенных в легкой форме ОРВИ вроде гриппа, вакцинироваться можно раньше - вскоре после того, как у пациента естественным образом нормализуется температура и он (или она) перестанет пить таблетки.

Не слушайте людей, которые советуют накануне или сразу после укола принять какое-то лекарство - якобы чтобы снизить вероятность побочных эффектов. Врачи говорят, что такие советы не только бесполезны, но и с большой вероятностью вредны. В крайнем случае, если перед прививкой вы сильно разнервничались, можно принять легкое успокоительное.

Автор фото, Getty Images

Какую вакцину выбрать? Может, лучше подождать?

Независимые эксперты из разных стран в один голос утверждают, что лучшая вакцина на сегодняшний день - та, которая доступна лично вам. То есть любой из тех препаратов, которые официально одобрены для использования в вашем регионе и при этом есть в наличии.

Исключение из этого общего правила только одно: если у вас есть противопоказания к конкретной вакцине (см. выше). В таком случае действительно имеет смысл привиться другим, безопасным препаратом, если он есть в наличии, или подождать, пока он появится.

Важное уточнение: если у вас есть какие-либо сомнения по этому поводу (или любому другому вопросу, связанному с вакцинацией), лучше не полагаться на собственное мнение или советы родственников, друзей и знакомых - даже с медицинским образованием.

Поскольку список доступных вакцин сильно зависит от региона, а противопоказания у каждого препарата свои (не говоря уже о возможной индивидуальной непереносимости), лучше не заниматься самодиагностикой, а обратиться к участковому терапевту (врачу общей практики), который знает лично вас и вашу медицинскую историю.

Что касается новых мутаций вируса - возможно, в какой-то момент существующие вакцины частично или даже полностью потеряют эффективность, но на момент написания этого текста все зарегистрированные препараты обеспечивают от вируса эффективную защиту.

Что нужно делать после прививки? Что можно, а что нельзя?

После введения вакцины какое-то время нужно провести под наблюдением врачей - на всякий случай, чтобы исключить возможность опасной аллергической реакции. Однако даже после этого лучше не садиться за руль до конца дня.

Вопреки расхожему мнению, полный отказ от спиртного на пару недель после вакцинации не входит в список требований. Врачи лишь советуют по возможности воздержаться от выпивки пару дней сразу после укола, поскольку алкоголь в крови препятствует формированию иммунитета от любой болезни. После этого можно вернуться в обычный режим (главное - не злоупотреблять).

Остальные рекомендации также практически не отличаются от тех, что врачи дают после любой прививки. Один-два дня лучше не мочить и не тереть место инъекции, на несколько дней нужно снизить физические (а по возможности и эмоциональные) нагрузки. И в целом не забывать о том, что временно ваш организм может быть немного ослаблен: избегать переохлаждения или перегревания (скажем, в бане или сауне), а также продуктов, которые могут вызвать аллергическую реакцию.

Автор фото, EPA

Какие побочные эффекты возможны?

Большинство людей переносят прививку без особых симптомов: возможна легкая слабость, боль, покраснение или припухлость в месте укола, легкий дискомфорт в мышцах, иногда повышение температуры, гораздо реже - легкий озноб, тошнота, возможно небольшое увеличение лимфоузлов.

Всё это - абсолютно нормальные реакции при формировании иммунитета. Опасности для окружающих в это время вакцинированный не представляет.

Температуру до 38 градусов советуют не сбивать. Если она поднялась выше, можно принять жаропонижающее, которое вы обычно используете при простуде, лучше всего парацетамол. В редких случаях лихорадка может продолжаться два-три дня.

Серьезные побочные эффекты наблюдаются исключительно редко. Скажем, признаки тромбоза, согласно последним исследованиям, проявляются у 4-5 человек из каждого миллиона получивших прививку (0,0005%) - против 39 случаев на каждый миллион непривитых пациентов, переболевших коронавирусом.

Таким образом, по предварительным данным, прививка снижает риск связанного с коронавирусом тромбоза (инфекция, как мы помним, докатится до всех) примерно в 8 раз.

Когда можно считать, что вирус мне больше не страшен?

Почти все вакцины от коронавируса, доступные на сегодняшний день (за исключением Johnson&Johnson и "легкой" версии "Спутника"), предусматривают двухразовое введение. Это значит, что через какое-то время после первого укола вам нужно будет сделать второй, чтобы усилить защитный эффект.

В ходе клинических испытаний повторную прививку делали спустя несколько недель после первой (обычно через 21 или 28 дней), однако очень возможно, что вам предложат отложить второй укол на пару месяцев - или (в случае "Спутника") даже вовсе обойтись без него.

По словам экспертов, соглашаться на прививку в таком случае все равно стоит: первый укол должен запустить иммунный ответ организма и обеспечить хотя бы частичную защиту. Ее должно хватить для того, чтобы исключить тяжелое протекание заболевания.

Если после первого укола вы простудились, второй лучше немного отложить (насколько - см. выше). Врачи говорят, что между введением первой и второй доз возможен перерыв сроком до двух месяцев - без какого-либо ущерба с точки зрения эффективности прививки.

Максимальный уровень защиты от коронавирусной инфекции достигается спустя три-четыре недели после второго укола, когда формируется полноценный иммунитет. Однако даже в этом случае привитый может переносить вирус, не зная об этом. Так что по возможности и после прививки нужно продолжать носить маску и держаться на отдалении от окружающих - для их защиты.

Автор фото, EPA

Что если я уже переболел? Нужна ли мне прививка?

Настоятельно вакцинация рекомендуется только тем, кто еще не переболел (или переболел бессимптомно и не знает об этом). Если вы точно знаете, что перенесли Covid-19 в последние полгода, прививку лучше пока не делать, а выждать как минимум пару месяцев.

Если у вас есть подозрения, что вы уже перенесли коронавирусную инфекцию, но официально диагноз Covid-19 подтвержден не был, перед прививкой имеет смысл сделать тест на антитела.

Однако при этом нужно помнить, что наличие антител - еще не гарантия защиты. Ученые до сих пор не знают, какой уровень антител обеспечивает надежный иммунитет - и насколько линейна эта связь.

Есть версия, что ключевую роль в борьбе с Covid-19 играют не антитела, а клеточный иммунитет: с помощью клеток памяти организм как бы запоминает инфекцию и быстро производит нужные антитела при новой встрече с вирусом.

Тем не менее иммунитет, полученный в результате перенесенного заболевания, отличается от защиты, которую дает прививка. Поэтому в какой-то момент - когда будут вакцинированы более уязвимые группы населения - привиться желательно даже переболевшим.

В любом случае предварительно врачи рекомендуют уже переболевшим сделать тест на антитела IgG и убедиться, что их уровень достаточно упал.

Как долго действует защита? Придется ли прививаться повторно?

Точного ответа на эти вопрос у ученых по-прежнему нет, поскольку Sars-Cov-2 был обнаружен лишь чуть больше года назад. Однако, исходя из динамики мутаций вируса и опыта изучения родственных ему патогенов, можно предположить, что иммунитет не будет держаться очень долго.

По последним данным, после перенесенного заболевания, человек остается невосприимчивым к повторному заражению по меньшей мере восемь-девять месяцев - хотя это очень индивидуальный показатель и у разных людей этот срок может сильно отличаться.

Однако, как уже было сказано выше, иммунная защита, приобретенная в результате прививки, отличается от естественного иммунитета. По словам ученых, эффект от прививки может продлиться до двух лет (а возможно, и дольше). Но это мы узнаем только через два года.

Главное, в чем должен отдавать себе отчет каждый вакцинированный - то, что прививка защищает не от заражения, а от тяжелого протекания заболевания.

Вероятность умереть от коронавируса или оказаться в реанимации вакцина фактически сводит к нулю.

Возможность оказаться в больнице или переболеть Covid-19 в легкой форме дома после вакцинации остается, но при этом сильно снижается.

О приеме в 1-е классы

Уважаемые родители!
Здесь вы найдете достоверные ответы на самые актуальные вопросы, которые возникают при записи ребенка в первый класс.

Как подать заявление на зачисление в первый класс?

Заявление можно подать с 1 апреля в электронном виде на странице услуги «Зачисление в 1 класс следующего учебного года» или лично в любом удобном МФЦ.

Перейти на страницу услуги

Обратите внимание, что подать заявление онлайн могут только зарегистрированные пользователи портала с подтвержденной учетной записью. Подробную информацию о регистрации на госуслугах вы можете получить на этой странице или по телефону 8 800 100 70 10.

Можно ли подать заявление на зачисление в первый класс в самой школе?

Нет, непосредственно в школе заявления от родителей не принимают. Записаться в первый класс можно только в электронном виде через портал или лично в любом МФЦ.

Кто может подать заявление на зачисление ребенка в первый класс?

Подать заявление могут родители или законные представители ребенка (опекуны, приемные родители), а также доверенное лицо заявителя на основании доверенности или договора.

Когда нужно подавать заявление?

Запись в первые классы проходит в два этапа. Первый этап длится с 1 апреля до 30 июня. В этот период принимают заявления от родителей:

  • дети которых имеют внеочередное, первоочередное или преимущественное право зачисления;
  • дети которых проживают на закрепленной территории. То есть в том же районе, где находится школа.

Второй этап начнется 6 июля и продлится до момента заполнения свободных мест, но закончится не позднее 5 сентября. В этот период принимают заявления от родителей, дети которых не проживают на закрепленной территории. То есть можно подать заявление в школы другого района.

Какие документы нужны для зачисления ребенка в 1 класс?

Обязательно понадобятся:

  • паспорт родителя (законного представителя), который подает заявление;
  • свидетельство о рождении ребенка;
  • документ, подтверждающий проживание будущего первоклассника на закрепленной территории (постоянная или временная регистрация или справка о приеме документов для оформления регистрации по месту жительства).

Подтверждать место жительства не нужно, только если в выбранной школе работает кто-то из родителей, а также если вы хотите попасть в школу, находящуюся за пределами закрепленной территории.

Если вы подаете заявление на льготных основаниях, то нужно будет подтвердить право на внеочередной, первоочередной или преимущественный прием (например, справкой с работы).

При наличии заключения психолого-медико-педагогической комиссии и разрешения о приеме в первый класс ребенка младше 6,5 или старше 8 лет, их тоже необходимо представить.

Эти документы Вы можете отсканировать и приложить к электронному заявлению, но это не обязательно. Главное – после получения приглашения в школу принести оригиналы.

С полным списком необходимых документов можно ознакомиться по ссылке.

Влияет ли время подачи заявления на принятие решения о зачислении в первый класс?

В рамках первого этапа приема детей дата и время подачи заявления не влияют на принятие решения о зачислении в школу, поэтому нет необходимости пытаться записать ребенка в первые часы. Главный критерий – близость образовательной организации к дому. Для детей, имеющих преимущественное право зачисления, основным критерием является обучение в выбранной школе брата/сестры или работа там одного из родителей.

На втором этапе детей принимают на оставшиеся свободные места, поэтому в качестве критериев учитываются наличие вакантных мест, а также дата и время подачи заявления.

Сколько школ можно выбрать при подаче заявления?

Подавая заявление, можно выбрать от одной до трех школ, расположенных в одном районе.

Если по итогам рассмотрения заявления приглашения придут из нескольких школ, необходимо определиться с выбором и в указанное в приглашении время принести оригиналы документов только в одну образовательную организацию.

После приема оригиналов документов в одной из школ ваше обращение автоматически удаляется из очереди в остальные школы, указанные в заявлении.

Что такое «закрепленная территория»?

Закрепленная территория – территория района Санкт-Петербурга, в границах которого находится школа.

Таким образом, на первом этапе подать заявление в определенную образовательную организацию могут все жители района, в котором она располагается. Однако при принятии решения о зачислении главным критерием является близость дома к школе. Это значит, что для каждой школы заранее определяют перечень адресов, по которым дети будут зачисляться в первую очередь. Это так называемые микрорайоны для проведения первичного учета детей. Обязательно узнайте, к какой школе прикреплен ваш дом, информация о закреплении образовательных организаций за микрорайонами опубликована на официальных сайтах школ и сайтах всех администраций районов Санкт-Петербурга. Ссылки на официальные сайты администраций районов размещены на сайте Комитета по образованию.

Как узнать, к какой школе прикреплен дом?

Чтобы узнать, к какой школе прикреплен ваш дом, ознакомьтесь с перечнем микрорайонов образовательных организаций для проведения первичного учета детей. Утверждаются эти микрорайоны распорядительными актами администраций районов. Эта информация размещается на сайтах образовательных организаций и сайтах администраций района Санкт-Петербурга.

Как подтвердить, что ребенок живет в том же районе, где находится школа?

Чтобы подтвердить, что ребенок действительно живет на закрепленной территории, то есть в том районе, где располагается школа, при подаче заявления потребуется документ о его регистрации по месту жительства (постоянная регистрация) или по месту пребывания (временная регистрация).

Можно ли подавать заявление, если ребенок проживает на закрепленной территории, но подтверждающие документы еще не готовы?

Да, в этом случае понадобится справка о приеме документов для оформления регистрации по месту жительства, которую выдают на время подготовки свидетельства о регистрации.

Подходит ли договор аренды квартиры в качестве документа, подтверждающего факт проживания ребенка на закрепленной территории?

Нет. Родителю необходимо представить в школу документ о регистрации ребенка по месту жительства или по месту пребывания на закрепленной территории. Если документы еще не готовы, то можно представить справку о приеме документов для оформления регистрации по месту жительства.

Может ли подавать заявление на зачисление в школу родитель, не прописанный по одному адресу с ребенком?

Подать заявление на зачисление в первый класс может любой из родителей, вне зависимости от того, зарегистрирован ли он по одному адресу с ребенком.

В чем отличие регистрации по месту пребывания от регистрации по месту жительства?

Регистрация по месту пребывания – это временная регистрация, например, в съемной квартире. Федеральным законом от 25.06.1993 №5242-1 «О праве граждан РФ на свободу передвижения, выбор места пребывания и жительства в пределах РФ» установлено, что, если гражданин находится вне места своего постоянного пребывания более 90 суток, то он обязан зарегистрироваться в отделе ФМС и получить свидетельство о временной регистрации. Такой документ выдается сроком до 5 лет.

Регистрация по месту жительства – это постоянная регистрация. В отличие от временной она не имеет ограничений по сроку действия. Факт наличия постоянной регистрации фиксируется в паспорте в виде штампа с адресом места проживания. Детям оформляется свидетельство о регистрации по месту жительства.

Можно ли одновременно подать заявление в школы разных районов?

Нет, заявление можно подавать только в школы одного района Санкт-Петербурга. Выбрать нужно не более трех образовательных организаций.

Можно ли подать на одного ребенка несколько заявлений?

На одного ребенка можно подать только одно заявление. Второе заявление можно подать после получения отказов из всех выбранных школ.

Как попасть в школу рядом с фактическим местом проживания, если ребенок прописан в другом районе?

Если вы хотите подать заявление на первом этапе зачисления, то ребенку потребуется временная или постоянная регистрация в том районе, где расположена выбранная школа.

Заявление можно подать и во втором этапе (с 6 июля 2021 года), в этом случае подтверждать факт регистрации на закрепленной территории не требуется. Однако стоить учесть, что на втором этапе детей зачисляют на оставшиеся свободные места.

Как попасть в школу в другом районе города, если та, что рядом с домом, не нравится?

Если вы хотите, чтобы ребенок учился в школе, которая находится в другом районе Петербурга, подать заявление нужно в рамках второго этапа (с 6 июля 2021 года до момента заполнения свободных мест, но не позднее 5 сентября 2021 года). Обратите внимание, что в этом случае решение о зачислении ребенка будет зависеть от наличия в образовательной организации свободных мест, а также от даты и времени подачи заявления.

Как зачислить ребенка в школу, если он прописан в другом городе?

Если постоянная или временная регистрация в Санкт-Петербурге отсутствует, то подать заявление можно в любую школу города, но только в рамках второго этапа зачисления (с 6 июля 2021 года до момента заполнения свободных мест, но не позднее 5 сентября 2021 года).

Что делать, если ребенка зачислили в одну школу, а мы хотим попасть в другую?

В этом случае следует обратиться в школу, в которую зачислен ваш ребенок, и написать заявление на отчисление. Когда школа зафиксирует отчисление ребенка, заявление можно будет подать повторно.

Можно ли подать заявление в школу, которая еще не достроена, но откроется в этом году?

Подать заявление можно только в ту школу, у которой есть номер и оформлено юридическое лицо. Чтобы получить информацию о дате начала функционирования школы, обратитесь в администрацию района.

Кто имеет преимущества при зачислении в первый класс?

Внеочередное право зачисления на обучение в образовательные организации, имеющие интернат, есть у детей:

  • сотрудников Следственного комитета РФ;
  • судей;
  • работников прокуратуры.

Первоочередное право зачисления на обучение в школы по месту жительства имеют дети:

  • военнослужащих;
  • сотрудников* полиции;
  • сотрудников* органов внутренних дел, не являющихся сотрудниками полиции;
  • имеющих специальные звания сотрудников* органов и учреждений уголовно‑исполнительной системы;
  • имеющих специальные звания сотрудников* органов принудительного исполнения РФ;
  • имеющих специальные звания сотрудников* федеральной противопожарной службы Государственной противопожарной службы;
  • сотрудников* таможенных органов РФ;
  • других категорий граждан в соответствии с действующим законодательством.

*Это право действует и в отношении детей перечисленных категорий граждан, которые:

  • погибли (умерли) по причине увечья или нанесенного вреда здоровью в связи с выполнением служебных обязанностей;
  • были уволены из-за полученного увечья или нанесенного вреда здоровью в связи с выполнением служебных обязанностей, так как не могли продолжать службу;
  • умерли в течение года после такого увольнения.

Распространяется льгота также на детей, которые находятся (находились) на иждивении перечисленных сотрудников.

Преимущественное право зачисления имеют:

  • братья и сестры детей, которые уже учатся в выбранной школе, проживают в одной семье и имеют общее место жительства;
  • дети, родитель (законный представитель) которых работает в выбранной образовательной организации.

Имеют ли многодетные семьи преимущества при зачислении?

Нет, законодательством это не предусмотрено.

Если ребенок имеет внеочередное или первоочередное право зачисления, то подавать заявление можно в любую школу города?

Нет, ребенок будет иметь внеочередное или первоочередное право зачисления в первый класс только по месту жительства семьи. Территориальная близость школы обеспечивается путем определения микрорайонов для первичного учета детей.

Действует ли внеочередное, первоочередное и преимущественное право зачисления на втором этапе?

Нет, критерии принятия решения о зачисления на втором этапе – наличие свободных мест в школе, дата и время подачи заявления.

Имеет ли ребенок, брат или сестра которого учится в школе в другом районе, преимущества при поступлении в эту школу? Нужно ли в этом случае подтверждать место жительства ребенка?

Ребенок имеет преимущественное право в той школе, в которой учится его брат или сестра. Школа может находиться в любом районе города. Родителям необходимо подтвердить проживание детей в одной семье и по одному месту жительства.

Если у брата и сестры разные фамилии, это повлияет на получение преимущественного права зачисления?

Преимущественное право имеют братья и сестры, проживающие в одной семье и имеющие общее место жительства, независимо от фамилии.

Можно ли подавать заявление, если ребенок младше 6,5 или старше 8 лет?

По заявлению родителей учредитель школы вправе разрешить прием на обучение ребенка в более раннем или более позднем возрасте. Для получения такого разрешения перед записью ребенка в первый класс нужно обратиться в орган власти Санкт Петербурга, в ведении которого находится выбранная школа. Это может быть Комитет по образованию или администрация района.

Сколько дней после подачи заявления нужно ждать зачисления в школу?

На первом этапе зачисления приглашение в школу для подачи оригиналов документов придет не ранее 30 рабочих дней с даты начала приема, но не позднее 30 июня. Приказ о зачислении школа издает в течение 3 рабочих дней после завершения приема заявлений.

На втором этапе зачисления родители могут получить приглашение не ранее 10 рабочих дней с даты начала приема, но не позднее 30 рабочих дней после подачи заявления. Приказ о зачислении выходит в течение 5 рабочих дней после приема документов образовательной организацией.

Куда придет приглашение из школы?

Приглашение из школы поступит в Личный кабинет на Портале госуслуг Санкт-Петербурга, а также в виде уведомления по электронной почте или СМС, если такой способ информирования был выбран при подаче заявления.

Если пришло приглашение, значит ребенка уже точно зачислят?

Нет, в приглашении указывается дата и время, в которые нужно принести оригиналы документов в выбранную школу. Зачисление происходит после приема и проверки оригиналов документов. В некоторых случаях школа может принять решение об отказе в зачислении.

Если не принести оригиналы документов в назначенное время, можно ли претендовать на получение приглашения из других школ, выбранных при подаче заявления?

Каждая школа рассматривает заявления не зависимо от других образовательных организаций, выбранных при подаче заявления. Таким образом, если вы получили приглашение из определенной школы, но не хотите зачислять в нее ребенка, можно дождаться приглашения от других образовательных организаций, указанных в заявлении.

Как исправить уже отправленное заявление?

Внести изменения в ранее поданное заявление не получится, его придется отменить. Для этого нужно лично обратиться в указанные в заявлении школы для получения отказа в зачислении. После получения отказов от всех школ необходимо подать новое заявление.

Когда в зачислении могут отказать?

Школа может отказать в приеме в первый класс по нескольким причинам.

  1. Если не были соблюдены сроки подачи заявления. Например, если вы отправили заявление в школу другого района в рамках первого этапа.
  2. Если на одного ребенка поступило больше одного заявления.
  3. Если возраст ребенка не соответствует установленному требованиями.
  4. Если в школе не осталось свободных мест.
  5. Если после получения приглашения документы в школу принес другой человек, а не заявитель.
  6. Если приложенные к заявлению документы не соответствуют принесенным в школу оригиналам (в случае если вы прикладывали документы).
  7. Если заявитель не пришел в школу в указанный в приглашении срок.

Что делать, если не хватит мест ни в одной из трех выбранных школ?

Если из всех выбранных школ пришел отказ, вы вправе обратиться в отдел образования администрации района, в котором живет ребенок, для получения информации о наличии в образовательных организациях свободных мест и в конфликтную комиссию для решения спорных вопросов.

Вы также можете подать новое заявление в другие школы, предварительно узнав в отделе образования, есть ли там свободные места.

Что делать, если у меня не получается подать электронное заявление в 1-й класс?

Если у вас возникли трудности с подачей электронного заявления через Портал, обратитесь в Службу технической поддержки по телефону 8 (812) 417-34-94 или отправьте свой вопрос на адрес электронной почты: [email protected]

Обратите внимание! Информация на странице будет пополняться согласно вопросам и комментариям, отправленным в «Книгу отзывов». Если у вас остались вопросы, пожалуйста, не стесняйтесь их задавать!

Можно ли заразиться вирусом COVID-19 через пищу?

Можно ли заразиться вирусом COVID-19 через пищу?

Нет никаких доказательств того, что пищевые продукты могут являться источником коронавируса.

Вирусам, в том числе и любому виду коронавирусов, для выживания и репродукции необходимы хозяева - животное или человек.  Пищевые продукты не могут выступать в роли подходящего для вируса хозяина. 

Однако это отнюдь не отменяет важности соблюдения гигиены при обращении с пищевыми продуктами. Таким образом вы предотвратите попадание патогенных бактерий, грибов и вирусов в свою пищу.

Какие же правила необходимо соблюдать при приготовлении и употреблении пищи, чтобы обезопасить себя и своих близких?

  • Тщательно мойте руки с мылом до и после того, как посетили магазин.

  • Не прикасайтесь к лицу руками во время совершения покупок и во время приготовления пищи.

  • Всегда хорошо мойте руки перед едой и перед приготовлением пищи.

  • Всегда тщательно мойте фрукты и овощи.

  • Не готовьте еду для других членов семьи, если вы простудились или заболели.

  • Не чихайте и не кашляйте над едой. Если вам все же нужно чихнуть, сделайте это во внутренний сгиб локтя или используйте бумажные салфетки. Не забудьте вымыть руки до того, как продолжите готовить или есть.

  • Не делитесь едой, которая уже была на вашей тарелке, или напитками из своего стакана, особенно, если вы простужены.

  • При приготовлении пищи используйте только чистую посуду и кухонные принадлежности.

  • Если для мытья посуды вы используете посудомоечную машину, температура воды в ней должна быть не менее 60૦С.

  • Полотенца для рук и кухонные полотенца также следует стирать при температуре не менее 60०С.

  • Помните, что употребление в пищу продуктов, которые не были должным образом приготовлены или транспортировались с несоблюдением температурного режима, представляет риск для вашего здоровья.

  • Если не хотите готовить сами, старайтесь заказывать блюда из мест общественного питания, которые вы хорошо знаете и которым доверяете.

  • Убедитесь, что доставленные вам блюда свежие. Помните, что бактерии размножаются очень быстро при комнатной температуре, поэтому соблюдение необходимых условий транспортировки блюд чрезвычайно важно.

  • Используйте свои собственные столовые приборы, а не пластиковые столовые приборы, особенно если они не находятся в индивидуальной упаковке.

  • Максимально ограничьте физический контакт с работником общественного питания или доставщиком. Не принимайте свой заказ из рук в руки.

Следуйте этим советам, они помогут вам сохранить своё здоровье и здоровье ваших близких!

Можно ли делать МРТ с имплантами зубов? Разрушаем мифы о процедуре МРТ.

МРТ или магнитно-резонансная томография — современный метод высокоточного исследования организма человека, основанный на действии магнитных волн. И в этом причина определенных ограничений для проведения процедуры, в том числе, пациентам с имплантами зубов. В каких случаях обследование безопасно и есть ли жесткие ограничения для людей с имплантами зубов?

Принцип работы МРТ

Конечный результат МРТ обследования — это изображения организма человека “изнутри”, создаваемое с помощью магнитных волн. В аппарате образуется магнитное поле, в которое помещается пациент, и компьютер фиксирует исходящий от молекул его тела обратный сигнал.

Полученное изображение — не просто фотография. Магнитные импульсы создают трехмерную послойную картинку, то есть, рассмотреть организм можно на разной глубине и с разных сторон. Метод позволяет получить точную информацию:

  • о месте локализации новообразований, даже малой формы;
  • о микроинсультах и кровоизлияниях;
  • незаметной для других типов сканирования деформации сосудов, аневризме и рассеянном склерозе;
  • не определяемых на других устройствах межпозвоночных грыжах.

Влияние процедуры МРТ на импланты

Поскольку обследование базируется на использовании магнитных волн, у многих пациентов возникает логичный вопрос: можно ли делать МРТ с имплантами зубов? Эти опасения понятны, но не всегда обоснованы.

В стоматологии, как и в любом другом направлении медицины, технология протезирования постоянно развивается, появляются новые материалы и методики. Так, если раньше зубные коронки изготавливались из сплава меди и золота, то сегодня вам предложат металлокерамику или титановый сплав.

В чем разница? Старая технология медь-золото давала искажения на снимках МРТ, но при этом не влияла на здоровье или состояние пациента во время процедуры. Сегодня в стоматологии массово используется титан с небольшими примесями других элементов, что делает протез более легким и прочным. По своей природе титан химически инертен, поэтому не окисляется, не выделяет вредных веществ и не реагирует на магнитные волны, а значит не дает искажения на снимках. Все это касается не только зубов, но и протезов костей, суставов.

Металлокерамика при МРТ также не влияет ни на самочувствие, ни на результат диагностики.

Но, кроме самого импланта есть еще штифты, пластины и винты, на которые он крепится. В них и может заключаться проблема. Детали креплений имплантов изготавливаются из различных ферромагнетиков, особых сплавов железа, которые имеют положительную магнитную восприимчивость. Воздействие на них магнитного поля может давать искаженные результаты и влиять на самочувствие пациента во время процедуры.

Как воздействуют железные детали имплантатов на различные области при МРТ

Вне зависимости от области обследования перед процедурой необходимо обязательно снять все металлические предметы:

  • кнопки,
  • заклепки,
  • крючки,
  • молнии,
  • пряжки,
  • ключи,
  • монеты,
  • брелоки,
  • украшения,
  • часы,
  • мобильные телефоны,
  • магнитные носители (кассеты, дискеты),
  • кредитные карточки.

Кроме того, необходимо предупредить медицинский персонал о наличии в теле имплантов или протезов, особенно с содержанием металлов. При МРТ головы и шейного отдела позвоночника сплавы железа в крепеже зубных протезов могут нагреваться и двигаться. Это может привести не только к искажению результатов диагностики, но и к дискомфорту или возможной травме обследуемого. Однако, подобный исход возможен только при наличии в теле больших фрагментов металла, а масса штифта или пластины ничтожно мала. Поэтому даже при наличии большого количества имплантов возникновение подобной ситуации практически невозможно. И уж точно, присутствие в теле импланта не повод отказываться от МРТ.

На остальные виды МРТ – костей, суставов, грудного и поясничного отделов позвоночника – наличие металлических креплений в зубных имплантатах никакого влияния не оказывает. Непосредственно МРТ диагностику зубов назначают редко, к челюсти сложно «подобраться» с помощью этого томографа.

А МРТ конечностей, поясницы и позвоночника проходят без последствий. Диагностику зубов этим методом назначают редко — к челюсти сложно «подобраться» с помощью МРТ.

Мифы о процедуре МРТ

Чему не стоит верить, отправляясь на МРТ:

1. Во время процедуры нагреваются и двигаются импланты.

Удельный вес металлической детали крепления имплантата ничтожно мал, а значит и дефектов на снимках и дискомфорта для пациента от нее не будет. Но все же стоит предупредить медицинский персонал, если она состоит из диоксида циркония, чистой керамики или дорогих сплавов, противопоказаний к МРТ нет, а вот если металлокерамика, необходимо уточнить, из каких металлов и примесей состоит имплантат. Если в составе много металлов ферромагнитов, скорее всего, качество изображения будет снижено и оценить структуры, находящиеся за конструкцией, будет невозможно.

2. Нельзя делать МРТ при беременности.

Это неправда только отчасти. В первом триместре беременности происходит закладка тканей и жизненно-важных органов ребенка, поэтому любое физическое, химическое и биологическое воздействие должно быть исключено. Поэтому МРТ в этот период проводят лишь по экстренным показаниям. Однако на поздних сроках диагностика позволяет определить положение ребенка, выявить узкий таз у беременной и даст возможность акушеру подготовиться к правильному принятию родов.

3. Проходить МРТ с протезами больно.

Нет, это абсолютно безболезненная и безопасная процедура. Можно проходить МРТ даже с титановыми пластинами, они не подвержены воздействию магнитного поля и не могут нанести вред. В процедуре могут отказать только при имплантированной стальной пластине в теле пациента, поскольку она нагревается и смещается под воздействием магнитного поля, что может травмировать пациента.

Что может стать настоящей причиной для отказа от МРТ?

  1. Клаустрофобия. Пациента помещают в закрытый аппарат на непродолжительное время, что может спровоцировать паническую атаку. Но здесь все зависит от степени клаустрофобии и вида обследования. Кроме того, каждый аппарат имеет “тревожную” кнопку, при нажатии которой процедура немедленно останавливается и к пациенту подходит медицинский персонал.
  2. Установленный кардиостимулятор может прийти в опасный резонанс с магнитными волнами и прекратить работу.
  3. Слуховой аппарат перед началом обследования необходимо обязательно снять, так как под воздействием магнитного поля может быть поврежден магнит в составе аппарата. А наличие имплантов среднего и внутреннего уха является абсолютным противопоказанием, так как в их составе часто используются сплавы металлов с сильными магнитными свойствами.
  4. Инсулиновая помпа является абсолютным противопоказанием для проведения МРТ.

Перед процедурой необходимо обязательно сказать врачу обо всем, что может отразиться на вашем здоровье и результате диагностики. Нельзя замалчивать что-то в страхе, что МРТ не сделают. Как правило, любая проблема решаема, а в случае с металлическими протезами и имплантами в теле пациента врач просто настроит томограф, так, что с учетом расположения и состава протеза прибор выдаст максимально качественный четкий снимок. При абсолютных противопоказаниях к проведению МРТ врач подберет наиболее информативный и разрешенный в вашем случае вид исследования.

Если же пациент “забудет” о ненастоящей идеальной улыбке, снимки получатся смазанными, и придется проходить МРТ заново, уже честно признавшись во всех вмешательствах в организм.

Если вы планируете пройти МРТ диагностику у квалифицированных специалистов, на современном оборудовании экспертного класса в комфортных условиях и в кратчайшие сроки — позвоните по номеру телефона, указанному на сайте, или оставьте заявку в форме обратной связи. Специалисты медицинского центра «Адмиралтейские верфи» ответят на ваши вопросы и проведут все необходимые обследования в течение одного рабочего дня. Давайте заботиться о вашем здоровье вместе!


Определение возможного по Merriam-Webster

положительный | \ ˈPä-sə-bəl \

: находится в пределах возможностей, возможностей или реализации возможная, но трудная задача

б : - то, что может быть задумано, сделано или произойдет в соответствии с природой, обычаями или манерами. наилучшая возможная забота наихудшие обстоятельства

: - это то, что может произойти, а может и не произойти. возможный неожиданный визит

б : может быть или не быть правдой или действительностью. возможное объяснение

3 : с указанным потенциалом возможный участок под застройку

Стоит ли мне отвечать "возможно ли?" типа вопросов?

Это зависит от вопроса.Есть три широкие категории:

Вопрос в остальном хороший

Для вполне разумных вопросов, относящихся к теме, включите четкое описание проблемы с ожидаемым поведением вместе с минимальным, полным воспроизводимым примером, показывающим усилия и исследования, но просто сформулируйте их запрос как «возможно ли это?» вопрос, отредактируйте "возможно ли?" на конкретный прямой вопрос типа «как я могу [решить / выполнить / достичь / исправить] [ответное постановление проблемы]?», проголосуйте за и опубликуйте ответ на него, если хотите.

Излишняя педантичность контрпродуктивна при работе с разумными постами.

Вопрос неисправен

Многие "возможно ли?" вопросы не соответствуют нашим обычным правилам и не подлежат восстановлению. Вот пример (включая весь заголовок и тело сообщения):

Можно ли найти список рекурсивных функций / методов, используемых в проекте

Есть ли возможность узнать количество рекурсивных функций / методов, используемых во всем приложении.

Вы, , могли бы легко отредактировать сообщение, чтобы сказать «как мне это сделать?», Но игра с формулировкой вопросов, которые иначе не удалось бы исправить, может сбивать с толку и, как правило, непродуктивно, даже если это не противоречит намерениям ОП (вероятно оно делает).

Проголосуйте, чтобы закрыть его сразу же, используя соответствующую причину (вероятно, «слишком широкую»), проголосуйте против и оставьте комментарий, объясняющий обоснование, со ссылкой на соответствующие мета-сообщения или справочные руководства. Не отвечайте на таких вопроса.

Вопрос требует доработки

При отсутствии описанных выше сценариев сообщение может содержать умеренные проблемы, помимо простого "возможно ли?" формулировка, но потенциально может быть спасена. В этом случае использует ваш здравый смысл при комментировании, редактировании и ответах.

Как правило, следующим шагом является размещение комментария с просьбой к OP уточнить вопрос вместо ответа. Как правило, акцент в комментариях не делается на «возможно ли это?» вопросы в первую очередь.

В некоторых случаях OP будет отвечать на запросы о разъяснении, и в этом случае вопрос попадает в корзину «в остальном хороший».

В других случаях OP исчезнет или не захочет или не сможет исправить пробелы в вопросе. В этих случаях вопрос, как правило, забывают или сводится к категории «не подлежащих спасению», и с ним можно обращаться соответствующим образом.


Связанные темы

Устойчивость к антибиотикам и ее стоимость: можно ли изменить устойчивость?

  • 1

    Уайз Р. Устойчивость к противомикробным препаратам: приоритеты для действий. J. Antimicrob. Chemother. 49 , 585–586 (2002).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 2

    Вудфорд, Н. и Ливермор, Д. М. Инфекции, вызываемые грамположительными бактериями: обзор глобальной проблемы. J. Infect. 59 (Приложение 1), S4 – S16 (2009).

    Артикул PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 3

    Лью, В., Пай, М., Окслейд, О., Мартин Д. и Мензис Д. Исходные результаты лечения лекарственной устойчивости и туберкулеза: систематический обзор и метаанализ. Ann. Междунар. Med. 149 , 123–134 (2008).

    Артикул PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 4

    Гуай, Д. Р. Современное лечение неосложненных инфекций мочевыводящих путей. Наркотики 68 , 1169–1205 (2008).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 5

    Левин, Б.R. et al. Популяционная генетика устойчивости к антибиотикам. Clin. Заразить. Дис. 24 (Дополнение 1), S9 – S16 (1997).

    Артикул PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 6

    Андерссон Д. И. и Левин Б. Р. Биологическая стоимость устойчивости к антибиотикам. Curr. Opin. Microbiol. 2 , 489–493 (1999).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 7

    Левин, Б.R. Модели распространения устойчивых патогенов. Neth. J. Med. 60 , 58–66 (2002).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 8

    Никайдо, Х. Множественная лекарственная устойчивость бактерий. Annu. Rev. Biochem. 78 , 119–146 (2009).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 9

    Андерссон, Д.И. и Хьюз, Д. Амплификация генов и адаптивная эволюция бактерий. Annu. Преподобный Жене. 43 , 167–195 (2009).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 10

    Сандегрен, Л. и Андерссон, Д. I. Амплификация бактериальных генов: значение для эволюции устойчивости к антибиотикам. Nature Rev. Microbiol. 7 , 578–588 (2009).

    CAS Статья Google Scholar

  • 11

    Инс, Д.И Хупер, Д. С. Устойчивость к хинолонам из-за снижения экспрессии целевого фермента. J. Bacteriol. 185 , 6883–6892 (2003).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 12

    Robicsek, A. et al. Фермент, модифицирующий фторхинолон: новая адаптация общей аминогликозидацетилтрансферазы. Nature Med. 12 , 83–88 (2006).

    CAS Статья Google Scholar

  • 13

    Li, X.З. и Никайдо, Х. Опосредованная оттоком лекарственная устойчивость у бактерий: обновленная информация. Наркотики 69 , 1555–1623 (2009).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 14

    Кантон, Р. Гены устойчивости к антибиотикам из окружающей среды: перспектива через недавно выявленные механизмы устойчивости к антибиотикам в клинических условиях. Clin. Microbiol. Заразить. 15 (доп.1), 20–25 (2009).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 15

    Мартинес, Дж. Л., Бакеро, Ф. и Андерссон, Д. И. Прогнозирование устойчивости к антибиотикам. Nature Rev. Microbiol. 5 , 958–965 (2007).

    CAS Статья Google Scholar

  • 16

    Bergman, M. et al. Влияние потребления макролидов на устойчивость к эритромицину у Streptococcus pyogenes в Финляндии в 1997–2001 гг. Clin.Заразить. Дис. 38 , 1251–1256 (2004).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 17

    Бергман М., Ниберг С. Т., Хуовинен П., Пааккари П. и Хаканен А. Дж. Связь между потреблением противомикробных препаратов и устойчивостью в Escherichia coli . Антимикробный. Агенты Chemother. 53 , 912–917 (2009).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 18

    Соммер, М.О., Дантас, Г. и Черч, Г. М. Функциональная характеристика резервуара устойчивости к антибиотикам в микрофлоре человека. Наука 325 , 1128–1131 (2009).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 19

    Dahlberg, C. & Chao, L. Уменьшение стоимости носительства конъюгированной плазмиды в Escarianha coli K12. Генетика 165 , 1641–1649 (2003). В этой статье показано, что плазмиды, несущие гены устойчивости к антибиотикам, накладывают затраты на приспособленность их бактериальных хозяев, но эти затраты могут быть быстро компенсированы мутациями либо в плазмиде, либо в хромосоме.

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 20

    Баума, Дж. Э. и Ленски, Р. Э. Эволюция ассоциации бактерии / плазмиды. Природа 335 , 351–352 (1988).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 21

    Энн В. И., Беннетт П. М., Ливермор Д. М. и Холл Л. М. Повышение приспособленности хозяина с помощью плазмиды p9123, кодирующей sul2 , в отсутствие селективного давления. J. Antimicrob. Chemother. 53 , 958–963 (2004).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 22

    Спратт, Б.G. Устойчивость к антибиотикам: подсчет затрат. Curr. Биол. 6 , 1219–1221 (1996).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 23

    Левин Б. Р. Минимизация потенциального сопротивления: взгляд на популяционную динамику. Clin. Заразить. Дис. 33 , S161 – S169 (2001).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 24

    Де Гельдер, Л.и другие. Сочетание математических моделей и статистических методов для понимания и прогнозирования динамики чувствительных к антибиотикам мутантов в популяции устойчивых бактерий во время экспериментальной эволюции. Генетика 168 , 1131–1144 (2004).

    Артикул PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 25

    Bjorkholm, B. et al. Частота мутаций и биологическая стоимость устойчивости к антибиотикам у Helicobacter pylori . Proc. Natl Acad. Sci. США 98 , 14607–14612 (2001).

    CAS Статья Google Scholar

  • 26

    Дэвис, А. П. и др. Сравнение пригодности двух изолятов Mycobacterium tuberculosis , один из которых в процессе лечения развил множественную лекарственную устойчивость. J. Infect. 41 , 184–187 (2000).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 27

    Канаи, К., Шибаяма, К., Судзуки, С., Вачино, Дж. И Аракава, Ю. Конкуренция роста устойчивых к макролидам и чувствительных к макролидам штаммов Helicobacter pylori . Microbiol. Иммунол. 48 , 977–980 (2004).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 28

    Бьоркман, Дж., Нагаев, И., Берг, О. Г., Хьюз, Д. и Андерссон, Д. И. Влияние окружающей среды на компенсаторные мутации для снижения стоимости устойчивости к антибиотикам. Наука 287 , 1479–1482 (2000). Эта работа обнаруживает, что различные мутации, компенсирующие приспособленность, выбираются в зависимости от того, развиваются ли бактерии в моделях на животных или в лабораторной среде.

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 29

    Бьоркман, Дж., Хьюз, Д. и Андерссон, Д. И. Вирулентность устойчивых к антибиотикам Salmonella typhimurium . Proc. Natl Acad. Sci. USA 95 , 3949–3953 (1998). Это исследование показывает, что мутации устойчивости к различным классам антибиотиков сильно снижают вирулентность бактерий, но могут быть выбраны компенсаторные мутации второго сайта, которые восстанавливают вирулентность без потери устойчивости к антибиотикам.

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 30

    Sander, P. et al. Стоимость пригодности хромосомных мутаций, приводящих к лекарственной устойчивости. Антимикробный. Агенты Chemother. 46, 1204–1211 (2002). Демонстрация того, что мутации хромосомной лекарственной устойчивости с небольшими затратами или без них in vitro преимущественно обнаруживаются в клинических изолятах микобактерий, утверждая, что снижение уровня потребления антибиотиков не приведет к снижению частоты устойчивых мутантов.

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 31

    Пауландер, В., Maisnier-Patin, S. & Andersson, D. I. Пригодность устойчивости к стрептомицину зависит от мутации rpsL , источника углерода и RpoS (σ S ). Генетика 183 , 539–546 (2009).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 32

    Эндер, М., МакКаллум, Н., Адхикари, Р. и Бергер-Бачи, Б. Стоимость пригодности SCC mec и уровни устойчивости к метициллину в Staphylococcus aureus . Антимикробный. Агенты Chemother. 48 , 2295–2297 (2004).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 33

    Хердл, Дж. Г., О'Нил, А. Дж., Ингхэм, Э., Фишвик, К. и Чопра, И. Анализ устойчивости к мупироцину и приспособленности Staphylococcus aureus с помощью методов молекулярно-генетического и структурного моделирования. Антимикробный. Агенты Chemother. 48 , 4366–4376 (2004).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 34

    Луо, Н. и др. Повышение пригодности in vivo устойчивых к фторхинолонам Campylobacter jejuni в отсутствие давления отбора антибиотиков. Proc. Natl Acad. Sci. США 102 , 541–546 (2005). В этой статье авторы делают удивительное наблюдение, что устойчивость к фторхинолонам C.jejuni изоляты с мутацией в gyrA превосходят клонально родственные фторхинолон-чувствительные C. jejuni в отсутствие давления отбора антибиотиков in vivo (у цыплят ). Это указывает на то, что одноточечная мутация не только обеспечивает высокий уровень устойчивости к фторхинолонам, но также модулирует соответствие in vivo C.Лебедева .

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 35

    Johnsen, PJ, Simonsen, GS, Olsvik, O., Midtvedt, T. & Sundsfjord, A. Стабильность, устойчивость и эволюция кодируемой плазмидой устойчивости к гликопептиду VanA у энтерококков в отсутствие выбора антибиотика vitro и у мышей-гнотобиотов. Microb. Устойчивость к наркотикам. 8 , 161–170 (2002).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 36

    Lenski, R.E. & Bouma, J.E. Влияние сегрегации и отбора на нестабильность плазмиды pACYC184 в Escherichia coli B. J. Bacteriol. 169 , 5314–5316 (1987).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 37

    Смит, М.А. и Бидочка, М. Дж. Бактериальная пригодность и потеря плазмиды: важность условий культивирования и размера плазмиды. Банка. J. Microbiol. 44 , 351–355 (1998).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 38

    Морозини, М. И., Аяла, Дж. А., Бакеро, Ф., Мартинес, Дж. Л. и Бласкес, Дж. Биологические затраты на производство AmpC для Salmonella enterica серотипа Typhimurium. Антимикробный. Агенты Chemother. 44 , 3137–3143 (2000).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 39

    Нагаев И., Бьоркман Дж., Андерссон Д. И. и Хьюз Д. Биологические затраты и компенсаторная эволюция устойчивых к фузидовой кислоте Staphylococcus aureus . Мол. Microbiol. 40 , 433–439 (2001). Здесь авторы предоставляют доказательства того, что вторичные мутации, которые компенсируют затраты на биологическую пригодность из-за устойчивости к антибиотикам, возникают в природе и могут способствовать стабилизации устойчивости в бактериальной популяции.

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 40

    Macvanin, M., Johanson, U., Ehrenberg, M. & Hughes, D. Устойчивый к фузидовой кислоте EF-G нарушает накопление ppGpp. Мол. Microbiol. 37 , 98–107 (2000).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 41

    Макванин, М.и другие. Устойчивые к фузидовой кислоте мутанты серовара Salmonella enterica Typhimurium с низкой пригодностью in vivo являются дефектными в индукции RpoS. Антимикробный. Агенты Chemother. 47 , 3743–3749 (2003).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 42

    Macvanin, M., Ballagi, A. & Hughes, D. Устойчивые к фузидовой кислоте мутанты серовара Typhimurium Salmonella enterica имеют низкий уровень гема, пониженную скорость дыхания и чувствительны к окислительному стрессу. Антимикробный. Агенты Chemother. 48 , 3877–3883 (2004).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 43

    Macvanin, M. & Hughes, D. Гиперчувствительность устойчивого к фузидовой кислоте мутанта Salmonella к различным классам антибиотиков. FEMS Microbiol. Lett. 247 , 215–220 (2005).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 44

    Энне, В.I., Делсол, А.А., Роу, Дж. М. и Беннет, П. М. Устойчивость к рифампицину и стоимость ее пригодности в Enterococcus faecium . J. Antimicrob. Chemother. 53 , 203–207 (2004).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 45

    O'Neill, A.J., Huovinen, T., Fishwick, C. W. & Chopra, I. Исследования молекулярно-генетического и структурного моделирования РНК-полимеразы Staphylococcus aureus и соответствия генотипов устойчивости к рифампину клинической распространенности. Антимикробный. Агенты Chemother. 50 , 298–309 (2006).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 46

    Reynolds, M.G. Компенсаторная эволюция у устойчивых к рифампину Escherichia coli . Генетика 156 , 1471–1481 (2000).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 47

    Ю., Дж., Ву, Дж., Фрэнсис, К. П., Пурчио, Т. Ф. и Кадуругамува, Дж. Л. Мониторинг in vivo и приспособленности устойчивых к рифампицину мутантов Staphylococcus aureus на модели инфекции биопленки мышей. J. Antimicrob. Chemother. 55 , 528–534 (2005).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 48

    Бедов И. и др. Стресс-индуцированный мутагенез у бактерий. Наука 300 , 1404–1409 (2003).

    CAS Статья Google Scholar

  • 49

    Wrande, M., Roth, J. R. & Hughes, D. Накопление мутантов в «стареющих» бактериальных колониях происходит из-за роста в условиях отбора, а не из-за мутагенеза, индуцированного стрессом. Proc. Natl Acad. Sci. США 105 , 11863–11868 (2008). Эта работа обнаруживает, что большинство мутаций устойчивости к рифампицину увеличивает приспособленность бактерий в среде стареющей колонии, показывая, что окружающая среда является критически важным фактором, определяющим относительную приспособленность.

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 50

    Kurland, CG, Hughes, D. & Ehrenberg, M. в Escherichia coli и Salmonella: Cellular and Molecular Biology (eds Neidhardt, FC et al.) 979–1004 (Американское общество микробиологии, Вашингтон, округ Колумбия , 1996).

    Google Scholar

  • 51

    Тубулекас, И. и Хьюз, Д.Подавление фенотипов rpsL с помощью мутаций tuf обнаруживает уникальную взаимосвязь между удлинением трансляции и скоростью роста. Мол. Microbiol. 7 , 275–284 (1993).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 52

    Enne, V. I. et al. Оценка приспособленности влияет на приобретение Escherichia coli генов устойчивости к антибиотикам, кодируемых различными типами генетических элементов. J. Antimicrob. Chemother. 56 , 544–551 (2005).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 53

    Боттгер, Э. К., Спрингер, Б., Плетчетт, М. и Сандер, П. Пригодность устойчивых к антибиотикам микроорганизмов и компенсаторные мутации. Nature Med. 4 , 1343–1344 (1998).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 54

    Артур, М., Рейнольдс П. и Курвалин П. Устойчивость энтерококков к гликопептидам. Trends Microbiol. 4 , 401–407 (1996).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 55

    Bugg, T. D. et al. Молекулярная основа устойчивости к ванкомицину у Enterococcus faecium BM4147: биосинтез предшественника депсипептидного пептидогликана белками устойчивости к ванкомицину VanH и VanA. Биохимия 30 , 10408–10415 (1991).

    CAS Статья Google Scholar

  • 56

    Артур М., Молинас С. и Курвалин П. Двухкомпонентная регуляторная система VanS-VanR контролирует синтез предшественников депсипептидных пептидогликанов в Enterococcus faecium BM4147. J. Bacteriol. 174 , 2582–2591 (1992).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 57

    Фуко, М.Л., Курвалин П. и Грилло-Курвалин С. Стоимость устойчивости к ванкомицину типа VanA у метициллин-резистентных Staphylococcus aureus . Антимикробный. Агенты Chemother. 53 , 2354–2359 (2009). В этой важной статье авторы демонстрируют, что стоимость пригодности кассет устойчивости к гликопептидам VanA-типа, которые переносятся клинически устойчивыми к метициллину изолятов S. aureus , очень высока, когда они индуцируются присутствием антибиотика. но очень низкий при отсутствии индукции.

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 58

    Komp Lindgren, P., Marcusson, LL, Sandvang, D., Frimodt-Moller, N. & Hughes, D. Биологическая стоимость единичных и множественных мутаций устойчивости к норфлоксацину у Escherichia coli , вызывающих инфекции мочевыводящих путей, . Антимикробный. Агенты Chemother. 49 , 2343–2351 (2005).

    Артикул CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 59

    Комп Линдгрен, П., Карлссон, Å. И Хьюз, Д. Скорость мутации и эволюция устойчивости к фторхинолонам в изолятах Escherichia coli от пациентов с инфекциями мочевыводящих путей. Антимикробный. Агенты Chemother. 47 , 3222–3232 (2003).

    Артикул CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 60

    Martinez-Martinez, L., Pascual, A. & Jacoby, G.A. Устойчивость к хинолонам из переносимой плазмиды. Ланцет 351 , 797–799 (1998).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 61

    Робичек А., Якоби Г. А. и Хупер Д. С. Появление плазмид-опосредованной устойчивости к хинолонам во всем мире. Lancet Infect. Дис. 6 , 629–640 (2006).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 62

    Маркуссон, Л.Л., Фримодт-Моллер, Н. и Хьюз, Д. Взаимодействие в выборе устойчивости к фторхинолонам и пригодности бактерий. PLoS Pathog. 5 , e1000541 (2009). Эти результаты показывают, что приобретение дополнительной мутации устойчивости к фторхинолонам может не только повысить устойчивость к лекарствам (как и ожидалось), но также значительно повысить приспособленность бактерий. Таким образом, дарвиновский отбор для улучшения приспособляемости может отбирать повышенную лекарственную устойчивость даже в отсутствие лекарства.

    Артикул CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 63

    О'Салливан, Д. М., МакХью, Т. Д. и Гиллеспи, С. Х. Анализ мутаций rpoB и pncA в опубликованной литературе: понимание роли окислительного стресса в эволюции Mycobacterium tuberculosis ? J. Antimicrob. Chemother. 55 , 674–679 (2005).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 64

    Норстрём Т., Lannergård, J. & Hughes, D. Генетическая и фенотипическая идентификация устойчивых к фузидовой кислоте мутантов с фенотипом варианта малой колонии в Staphylococcus aureus . Антимикробный. Агенты Chemother. 51 , 4438–4446 (2007).

    Артикул CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 65

    O'Neill, A. J. & Chopra, I. Молекулярная основа fusB -опосредованной устойчивости к фузидовой кислоте у Staphylococcus aureus . Мол. Microbiol. 59 , 664–676 (2006).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 66

    О'Нил, А. Дж., Ларсен, А. Р., Сков, Р., Хенриксен, А. С. и Чопра, И. Характеристика эпидемического европейского клона импетиго, устойчивого к фузидовой кислоте, Staphylococcus aureus . J. Clin. Microbiol. 45 , 1505–1510 (2007).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 67

    О'Нил, А.J., McLaws, F., Kahlmeter, G., Henriksen, A. S. & Chopra, I. Генетические основы устойчивости стафилококков к фузидовой кислоте. Антимикробный. Агенты Chemother. 51 , 1737–1740 (2007).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 68

    Lannergard, J., Norstrom, T. & Hughes, D. Генетические детерминанты устойчивости к фузидовой кислоте среди изолятов клинической бактериемии Staphylococcus aureus . Антимикробный. Агенты Chemother. 53 , 2059–2065 (2009).

    Артикул CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 69

    Lannergard, J. et al. Идентификация генетической основы для клинических изолятов менадион-ауксотрофного варианта малых колоний Staphylococcus aureus . Антимикробный. Агенты Chemother. 52 , 4017–4022 (2008).

    Артикул CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 70

    Проктор Р.A. et al. Варианты небольших колоний: патогенная форма бактерий, способствующая хроническим и рецидивирующим инфекциям. Nature Rev. Microbiol. 4 , 295–305 (2006).

    CAS Статья Google Scholar

  • 71

    Коэн Т., Соммерс Б. и Мюррей М. Влияние лекарственной устойчивости на приспособленность Mycobacterium tuberculosis . Lancet Infect. Дис. 3 , 13–21 (2003).

    Артикул PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 72

    Уилсон, Т.М., де Лиль, Г. В. и Коллинз, Д. М. Влияние inhA и katG на устойчивость к изониазиду и вирулентность Mycobacterium bovis . Мол. Microbiol. 15 , 1009–1015 (1995).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 73

    Li, Z., Kelley, C., Collins, F., Rouse, D. & Morris, S. Экспрессия katG в Mycobacterium tuberculosis связана с его ростом и сохранением у мышей и морских свинок. свиньи. J. Infect. Дис. 177 , 1030–1035 (1998).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 74

    Пим, А.С., Сен-Жоанис, Б. и Коул, С.Т. Влияние мутации katG на вирулентность Mycobacterium tuberculosis и последствия для передачи инфекции людям. Заражение. Иммун. 70 , 4955–4960 (2002).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 75

    Коэн Т., Бесерра, М. С. и Мюррей, М. Б. Устойчивость к изониазиду и будущее лекарственно-устойчивого туберкулеза. Microb. Устойчивость к наркотикам. 10 , 280–285 (2004).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 76

    Normark, S. Индукция β-лактамазы у грамотрицательных бактерий тесно связана с рециклингом пептидогликана. Microb. Устойчивость к наркотикам. 1 , 111–114 (1995).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 77

    Джейкобс, К., Huang, L.J., Bartowsky, E., Normark, S. & Park, J. T. Повторное использование клеточной стенки бактерий обеспечивает цитозольные муропептиды в качестве эффекторов для индукции β-лактамазы. EMBO J. 13 , 4684–4694 (1994).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 78

    Джейкобс, К., Фрер, Дж. М. и Нормарк, С. Цитозольные промежуточные продукты для биосинтеза клеточной стенки и контроля деградации индуцируемой устойчивости к β-лактаму у грамотрицательных бактерий. Cell 88 , 823–832 (1997).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 79

    Tuomanen, E. et al. Координированная регуляция индукции бета-лактамазы и состава пептидогликана с помощью оперона amp . Наука 251 , 201–204 (1991).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 80

    Фолькессон, А., Эрикссон, С., Андерссон, М., Парк, Дж. Т. и Нормарк, С. Компоненты пути рециклинга пептидогликанов модулируют инвазию и внутриклеточную выживаемость серовара Salmonella enterica Typhimurium. Ячейка. Microbiol. 7 , 147–155 (2005).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 81

    Тан, М. В. и Осубель, Ф. М. Caenorhabditis elegans : модельный генетический хозяин для изучения патогенеза Pseudomonas aeruginosa . Curr. Opin. Microbiol. 3 , 29–34 (2000).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 82

    Sanchez, P. et al. Пригодность in vitro. отобрали мутанты Pseudomonas aeruginosa nalB и nfxB с множественной лекарственной устойчивостью. J. Antimicrob. Chemother. 50 , 657–664 (2002).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 83

    Мэй, р.М., Гупта, С. и Маклин, А. Р. Динамика инфекционных заболеваний: что характеризует успешного захватчика? Philos. Пер. R. Soc. Лондон. B Biol. Sci. 356 , 901–910 (2001).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 84

    Бургос, М., ДеРимер, К., Смолл, П. М., Хопуэлл, П. К. и Дейли, К. Л. Влияние лекарственной устойчивости на возникновение вторичных случаев туберкулеза. Дж.Заразить. Дис. 188 , 1878–1884 (2003).

    Артикул PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 85

    Боттгер, Э. К., Плетсчетт, М. и Андерссон, Д. Устойчивость к лекарственным препаратам и пригодность при инфекции Mycobacterium tuberculosis . J. Infect. Дис. 191 , 823–824 (2005).

    Артикул PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 86

    Ллойд-Смит, Дж.О., Шрайбер, С. Дж., Копп, П. Э. и Гетц, В. М. Сверхраспространение и влияние индивидуальных различий на возникновение болезни. Природа 438 , 355–359 (2005).

    CAS Статья Google Scholar

  • 87

    Лучани, Ф., Сиссон, С. А., Цзян, Х., Фрэнсис, А. Р. и Танака, М. М. Эпидемиологические затраты на устойчивость лекарственной устойчивости у Mycobacterium tuberculosis . Proc. Natl Acad. Sci.США 106 , 14711–14715 (2009).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 88

    Maisnier-Patin, S., Berg, O.G., Liljas, L. & Andersson, D. I. Компенсаторная адаптация к пагубному эффекту устойчивости к антибиотикам у Salmonella typhimurium . Мол. Microbiol. 46 , 355–366 (2002).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 89

    Левин, Б.Р., Перро В. и Уокер Н. Компенсаторные мутации, устойчивость к антибиотикам и популяционная генетика адаптивной эволюции бактерий. Генетика 154 , 985–997 (2000). Здесь авторы используют моделирование, чтобы показать, что траектория адаптивной эволюции антибиотикорезистентных бактерий с низкой пригодностью будет сильно зависеть от относительной частоты различных мутаций (реверсионных и компенсаторных мутаций) и узких мест в популяции, с которыми сталкиваются эти бактерии.

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 90

    Handel, A., Regoes, R. & Antia, R. Роль компенсаторных мутаций в возникновении лекарственной устойчивости. PLoS Comput. Биол. 2 , e137 (2006).

    Артикул PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 91

    Бьоркман, Дж., Самуэльссон, П., Андерссон, Д.И. и Хьюз Д. Новые рибосомные мутации, влияющие на точность трансляции, устойчивость к антибиотикам и вирулентность Salmonella typhimurium . Мол. Microbiol. 31 , 53–58 (1999).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 92

    Johanson, U., Aevarsson, A., Liljas, A. & Hughes, D. Изучена динамическая структура EF-G с помощью устойчивости к фузидовой кислоте и внутренних ревертантов. J. Mol. Биол. 258 , 420–432 (1996).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 93

    Meka, V.G. et al. Обращение к чувствительности у устойчивого к линезолиду клинического изолята Staphylococcus aureus . J. Antimicrob. Chemother. 54 , 818–820 (2004).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 94

    Мека, В.G. et al. Устойчивость к линезолиду у последовательных изолятов Staphylococcus aureus , связанная с мутацией T2500A в гене 23S рРНК и потерей одной копии рРНК. J. Infect. Дис. 190 , 311–317 (2004).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 95

    Вольтер Н., Смит А. М., Фаррелл Д. Дж. И Клугман К. П. Гетерогенная устойчивость к макролидам и конверсия генов в пневмококке. Антимикробный. Агенты Chemother. 50 , 359–361 (2006).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 96

    Nilsson, A. I. et al. Снижение стоимости приспособляемости устойчивости к антибиотикам за счет амплификации генов инициаторной тРНК. Proc. Natl Acad. Sci. США 103 , 6976–6981 (2006). Важная статья, показывающая, что амплификация неродственного гена дикого типа может восстановить способность к росту устойчивых к антибиотикам мутантов.

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 97

    Розен Д. Э., МакГи Л., Левин Б. Р. и Клугман К. П. Фитнес-стоимость устойчивости к фторхинолонам у Streptococcus pneumoniae . Антимикробный. Агенты Chemother. 51 , 412–416 (2007).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 98

    Гиллеспи, С.H., Billington, O.J., Breathnach, A. & McHugh, T. D. Множественная лекарственная устойчивость Mycobacterium tuberculosis : данные об изменении приспособленности после прохождения через человека-хозяина. Microb. Устойчивость к наркотикам. 8 , 273–279 (2002).

    Артикул PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 99

    Heym, B. et al. Влияние сверхэкспрессии алкилгидропероксидредуктазы AhpC на вирулентность и устойчивость к изониазиду Mycobacterium tuberculosis . Заражение. Иммун. 65 , 1395–1401 (1997).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 100

    Gagneux, S. et al. Конкурентоспособная стоимость устойчивости к антибиотикам у Mycobacterium tuberculosis . Наука 312 , 1944–1946 (2006).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 101

    Шерман, Д.R. et al. Компенсаторная экспрессия гена ahpC у устойчивых к изониазиду Mycobacterium tuberculosis . Наука 272 , 1641–1643 (1996).

    CAS Статья Google Scholar

  • 102

    Липсич, М., Бергстром, К. Т. и Левин, Б. Р. Эпидемиология устойчивости к антибиотикам в больницах: парадоксы и рецепты. Proc. Natl Acad. Sci. США 97 , 1938–1943 (2000). В этой статье описывается математическое моделирование, которое используется для предложения практических мер по контролю или снижению распространенности устойчивых к антибиотикам бактерий в больничных условиях. Также обсуждается, почему будет легче контролировать сопротивление в больницах, чем в сообществе.

    CAS Статья Google Scholar

  • 103

    Бонтен, М. Дж., Остин, Д. Дж. И Липсич, М. Понимание распространения устойчивых к антибиотикам патогенов в больницах: математические модели как инструменты контроля. Clin. Заразить. Дис. 33 , 1739–1746 (2001).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 104

    Остин Д. и Андерсон Р. М. Исследования устойчивости к антибиотикам у пациентов, больниц и общества с использованием простых математических моделей. Philos. Пер. R. Soc. Лондон. B Biol. Sci. 354 , 721–738 (1999).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 105

    Альдеяб, М.A. et al. Моделирование влияния использования антибиотиков и методов инфекционного контроля на заболеваемость метициллин-устойчивым Staphylococcus , приобретенным в больнице: анализ временных рядов. J. Antimicrob. Chemother. 62 , 593–600 (2008).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 106

    Махамат А. и др. Влияние мер инфекционного контроля и использования антибиотиков на больничный MRSA: многомерный прерванный анализ временных рядов. Внутр. J. Antimicrob. Агенты 30 , 169–176 (2007).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 107

    McGowan, J. E. Jr. Сведение к минимуму устойчивости к противомикробным препаратам у больничных бактерий: может ли помочь смена лекарств или циклическое изменение лекарств? Заражение. Контроль 7 , 573–576 (1986).

    Артикул PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 108

    Sjölund, M., Тано, Э., Блазер, М. Дж., Андерссон, Д. И., Энгстранд, Л. Устойчивость резистентного стафилококка Staphylococcus epidermidis после однократного курса кларитромицина. Emerg. Заразить. Дис. 11 , 1389–1393 (2005).

    Артикул PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 109

    Sjölund, M., Wreiber, K., Andersson, D. I., Blaser, M. J. & Engstrand, L. Длительное сохранение устойчивых видов Enterococcus после антибиотиков для уничтожения Helicobacter pylori . Ann. Междунар. Med. 139 , 483–487 (2003). В этой статье показано, что лечение антибиотиками, которое успешно уничтожает H. pylori у пациентов, также позволяет отбирать устойчивые энтеркокки, которые сохраняются у пациентов до 3 лет без какого-либо дальнейшего отбора.

    Артикул PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 110

    Салливан, А., Эдлунд, К.И Норд, К. Э. Влияние противомикробных препаратов на экологический баланс микрофлоры человека. Lancet Infect. Дис. 1 , 101–114 (2001).

    CAS Статья Google Scholar

  • 111

    Seppälä, H. et al. Влияние изменений в потреблении макролидных антибиотиков на устойчивость к эритромицину стрептококков группы А в Финляндии. N. Engl. J. Med. 337 , 441–446 (1997).

    Артикул PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 112

    Кристинссон, К.G. Влияние применения противомикробных препаратов и других факторов риска на устойчивость пневмококков к противомикробным препаратам. Microb. Устойчивость к наркотикам. 3 , 117–123 (1997).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 113

    Kataja, J. et al. Гены устойчивости к эритромицину стрептококков группы А в Финляндии. Антимикробный. Агенты Chemother. 43 , 48–52 (1999).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 114

    Арасон, В.A. et al. Клональное распространение устойчивых пневмококков, несмотря на сокращение использования противомикробных препаратов. Microb. Устойчивость к наркотикам. 8 , 187–192 (2002).

    Артикул PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 115

    Остин Д. Дж., Бонтен М. Дж., Вайнштейн Р. А., Слотер С. и Андерсон Р. М. Устойчивые к ванкомицину энтерококки в больницах интенсивной терапии: динамика передачи, стойкость и влияние программ инфекционного контроля. Proc. Natl Acad. Sci. США 96 , 6908–6913 (1999).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 116

    Энн, В. И., Ливермор, Д. М., Стивенс, П. и Холл, Л. М. Устойчивость к сульфонамидам у бактерий Escherichia coli в Великобритании, несмотря на национальные ограничения по назначению. Ланцет 357 , 1325–1328 (2001). В этой статье авторы показывают, что сокращение назначения сульфаниламидов в Соединенном Королевстве не привело к снижению устойчивости в течение нескольких лет, вероятно, из-за генетической связи с другими детерминантами устойчивости, которые продолжали подвергаться отбору.

    CAS Статья Google Scholar

  • 117

    Бин, Д. К., Ливермор, Д. М., Папа, И. и Холл, Л. М. Устойчивость кишечной палочки Escherichia coli к сульфаниламидам и другим антимикробным препаратам, которые сейчас мало используются у человека. J. Antimicrob. Chemother. 56 , 962–964 (2005).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 118

    Сундквист, М.и другие. Мало доказательств обратимости устойчивости к триметоприму после резкого сокращения использования триметоприма. J. Antimicrob. Chemother. 65 , 350–360 (2010). Ключевое проспективное интервенционное исследование, в котором потребление триметоприма в шведском округе было снижено на 85% в течение 2 лет. Авторы приходят к выводу, что сокращение потребления антибиотиков вряд ли значительно снизит уровень резистентности в сообществе.

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 119

    Ленский, Р.E. Количественная оценка приспособленности и стабильности генов у микроорганизмов. Биотехнология 15 , 173–192 (1991).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 120

    Lambertsen, L., Sternberg, C. & Molin, S. Mini-Tn 7 транспозонов для сайт-специфической маркировки бактерий флуоресцентными белками. Environ. Microbiol. 6 , 726–732 (2004).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 121

    Кадуругамува, Дж.L. et al. Неинвазивный мониторинг пневмококкового менингита и оценка эффективности лечения на экспериментальной модели мышей. Мол. Изображения 4 , 137–142 (2005).

    Артикул PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 122

    Кадуругамува, Дж. Л. и др. Неинвазивная биофотонная визуализация для мониторинга катетер-ассоциированных инфекций мочевыводящих путей и терапии у мышей. Заражение. Иммун. 73 , 3878–3887 (2005).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 123

    Xiong, Y. Q. et al. Биолюминесцентная визуализация in vivo в реальном времени для оценки эффективности антибиотиков на модели эндокардита крысы Staphylococcus aureus . Антимикробный. Агенты Chemother. 49 , 380–387 (2005).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 124

    Жиро, Э., Cloeckaert, A., Baucheron, S., Mouline, C. и Chaslus-Dancla, E. Стоимость устойчивости к фторхинолонам у Salmonella enterica серовара Typhimurium. J. Med. Microbiol. 52 , 697–703 (2003).

    Артикул PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 125

    Paulander, W., Maisnier-Patin, S. & Andersson, D. I. Множественные механизмы для улучшения физической нагрузки, связанной с устойчивостью к мупироцину, у Salmonella typhimurium . Мол. Microbiol. 64 , 1038–1048 (2007).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 126

    Шраг, С. Дж., Перро, В. и Левин, Б. Р. Адаптация к стоимости приспособляемости устойчивости к антибиотикам у Escherichia coli . Proc. Биол. Sci. 264 , 1287–1291 (1997).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 127

    Шраг, С.Дж. И Перро В. Снижение устойчивости к антибиотикам. Природа 381 , 120–121 (1996). Это новаторская работа, демонстрирующая, что изначально высокая стоимость мутаций хромосомной устойчивости к стрептомицину быстро компенсируется в отсутствие выбора лекарств без клинически значимого снижения уровня устойчивости к стрептомицину. Результаты свидетельствуют о том, что разумного использования одного антибиотика может быть недостаточно для снижения распространенности устойчивости к антибиотикам.

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 128

    Нильссон, А.И., Берг, О. Г., Аспевалл, О., Калметер, Г. и Андерссон, Д. И. Биологические затраты и механизмы устойчивости к фосфомицину у Escherichia coli . Антимикробный. Агенты Chemother. 47 , 2850–2858 (2003).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 129

    Мариам Д. Х., Менгисту Ю., Хоффнер С. Э. и Андерссон Д. И. Влияние мутации rpoB , придающей устойчивость к рифампину, на приспособленность Mycobacterium tuberculosis . Антимикробный. Агенты Chemother. 48 , 1289–1294 (2004).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 130

    Биллингтон, О. Дж., МакХью, Т. Д. и Гиллеспи, С. Х. Физиологические затраты на резистентность к рифампину, индуцированную in vitro у Mycobacterium tuberculosis . Антимикробный. Агенты Chemother. 43 , 1866–1869 (1999).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 131

    Безье, С., Людвиг А., Брейд В. и Вичелхаус Т. А. Молекулярный анализ устойчивости к фузидовой кислоте у Staphylococcus aureus . Мол. Microbiol. 47 , 463–469 (2003).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 132

    Besier, S., Ludwig, A., Brade, V. & Wichelhaus, T.A. Компенсаторная адаптация к потере биологической пригодности, связанной с приобретением устойчивости к фузидовой кислоте у Staphylococcus aureus . Антимикробный. Агенты Chemother. 49 , 1426–1431 (2005).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 133

    Wichelhaus, T. A. et al. Биологическая стоимость устойчивости к рифампину с точки зрения Staphylococcus aureus . Антимикробный. Агенты Chemother. 46 , 3381–3385 (2002).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 134

    Барьер, Дж.G., O'Neill, A.J. и Chopra, I. Мутация изолейцил-тРНК синтетазы V588F, придающая устойчивость к мупироцину у промежуточного гликопептида Staphylococcus aureus , не связана со значительной нагрузкой на физическую форму. J. Antimicrob. Chemother. 53 , 102–104 (2004).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 135

    Густафссон, И., Карс, О. и Андерссон, Д.I. Пригодность устойчивых к антибиотикам Staphylococcus epidermidis оценивается путем соревнований на коже добровольцев. J. Antimicrob. Chemother. 52 , 258–263 (2003).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 136

    Джонсон, К. Н., Брилес, Д. Э., Бенджамин, В. Х. младший, Холлингсхед, С. К. и Уэйтс, К. Б. Относительная приспособленность устойчивых к фторхинолонам Streptococcus pneumoniae . Emerg. Заразить. Дис. 11 , 814–820 (2005).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 137

    Бине Р. и Маурелли А. Т. Стоимость пригодности из-за мутаций в 16S рРНК, связанных с устойчивостью к спектиномицину у Chlamydia psittaci 6BC. Антимикробный. Агенты Chemother. 49 , 4455–4464 (2005).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 138

    Кугельберг, Э., Лофмарк, С., Ретлинд, Б. и Андерссон, Д. I. Снижение физической нагрузки, связанной с устойчивостью к хинолонам, у Pseudomonas aeruginosa . J. Antimicrob. Chemother. 55 , 22–30 (2005).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 139

    Compeau, G., Al-Achi, B.J., Platsouka, E. & Levy, S. B. Выживание устойчивых к рифампину мутантов Pseudomonas fluorescens и Pseudomonas putida в почвенных системах. Заявл. Environ. Microbiol. 54 , 2432–2438 (1988).

    CAS PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 140

    Дайкс, Г. А. и Гастингс, Дж. У. Затраты на приспособленность, связанные с устойчивостью к бактериоцину класса IIa у Listeria monocytogenes B73. Lett. Прил. Microbiol. 26 , 5–8 (1998).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • 141

    Фермер, К.& Сведберг, Г. Адаптация к устойчивости к сульфонамидам у Neisseria meningitidis , возможно, потребовала компенсаторных изменений для сохранения функции фермента: кинетический анализ дигидроптероатсинтаз из N. meningitidis , экспрессированных в нокаутном мутанте Escherichia coli . J. Bacteriol. 179 , 831–837 (1997).

    CAS Статья PubMed PubMed Central Google Scholar

  • Определение публичной истории: возможно ли? Это необходимо? | Перспективы истории

    Несмотря на все разговоры об общественной истории, которые мы слышим более 25 лет, немного неловко, что историки все еще не уверены в том, что на самом деле может означать «публичная история».Даже у Национального совета по общественной истории (NCPH) возникли трудности с определением этого термина. После значительного внутреннего обсуждения члены правления NCPH недавно предположили, что публичная история - это «движение, методология и подход, которые продвигают совместное изучение и практику истории; его практики принимают на себя миссию сделать свои специальные идеи доступными и полезными для общественности». Это только спровоцировало дальнейшие дебаты среди членов. Кажется, у всех разные определения. 1

    Академики склонны рассматривать общественную историю как область изучения, как один из почти 300 специализированных предметов, которые перечисляет Американская историческая ассоциация, когда она просит своих членов определить свои исследовательские и педагогические интересы.С другой стороны, более социально вовлеченные историки считают публичную историю призванием, призванным «помочь людям писать, творить и понимать свою собственную историю». 2 Третьи считают, что общественная история должна влиять на формирование государственной политики. Но большинство, вероятно, просто определяет сферу деятельности по месту работы: они полагают, что академическая история практикуется в университете, а публичная история - где-то еще. Так что, возможно, бесполезно искать консенсус по единому определению. Когда все сказано и сделано, публичная история может быть даже похожа на джаз или порнографию: описать легче, чем дать определение, и вы узнаете это, когда слышите или видите.

    Скорее всего, термин «публичная история» показался бы излишним, когда Американская историческая ассоциация была основана в 1884 году. В то время AHA стремилось сделать историю более профессиональной, сделать ее более научной, а также создать и обслужить аудиторию среди местных исторических обществ. учителя, историки-любители и почти все, кто интересовался прошлым. Это изменилось, когда AHA превратилась в более строго научную ассоциацию, оставив общение с общественностью музеям и историческим местам, общественным организациям, любителям истории и, конечно же, Американской ассоциации государственной и местной истории (AASLH), которая раскололась. из AHA в 1940 году.Возникновение движения за общественную историю в 1970-е гг., Возможно, было ответом на разрыв, возникший между историками, и призывом к профессии вернуться к своим более общественным корням. 3

    Как бы мы это ни определяли или описывали, общественная история, похоже, утвердилась всего за несколько коротких лет - конечно, в университетских городках, где множество разнообразных программ общественной истории помогли оживить профессию, которая, возможно, рискует стать чрезмерно эгоцентричной и даже неактуальной. .Выпускники этих программ и программ истории в целом находили все больше и больше работы за пределами университета: в области сохранения исторического наследия и музейного дела, в общественных исторических проектах, в государственных учреждениях, даже в частном бизнесе - и куда бы они ни пошли, эти молодые историки повысили профессиональные стандарты и улучшили понимание людьми прошлого.

    Частично благодаря историкам с университетским образованием из Службы национальных парков, например, агентство теперь интерпретирует поля сражений Гражданской войны в контексте причин и следствий войны, а не только как священные поля доблести, на которых военные стратеги соревновались друг с другом. в смертельных играх в шахматы. 4 В Нью-Йорке, Филадельфии и Провиденсе частные и государственные учреждения объединились с активистами сообщества, чтобы сообщить людям новости о том, что рабство когда-то было очень реальной частью истории их городов. Защитники природы работали над сохранением культур, а также зданий и расширением своей аудитории за пределы избранных. Быстро меняющиеся технологии позволили историкам, особенно молодым, работать с экспертами в области электроники, графическими дизайнерами, педагогами и другими людьми, чтобы донести до публики хорошую профессиональную историю, которую было трудно представить даже несколько лет назад.

    Вопрос в следующем: если историки в академии и вне ее проходят подготовку в одних и тех же учреждениях, если они разделяют образовательную миссию и если они производят работы, которые выдерживают профессиональную проверку, то в чем разница между государственными историками и более традиционными историками. те? Возможно, дело в том, что общественные историки работают с людьми, не относящимися к профессии, и для них, а ученые, особенно те из них, которые принимают лишь узкое определение исторической работы как фактора при принятии решений о сроках пребывания в должности и повышении по службе, трудятся в основном между собой. .Однако это упускает из виду суть. Отношения историков со своей аудиторией не так просты. Многие справедливо согласятся с Майклом Фришем, который однажды предположил, что историки и их аудитория учатся друг у друга и разделяют авторитет для создания более значимого и полезного прошлого. 5 С другой стороны, некоторые общественные историки уступают публике слишком большой авторитет. Джон Дурел и Анита Новери Дурел, например, недавно предложили (в эссе, опубликованном в History News , информационном бюллетене AASLH), что некоммерческие исторические организации, такие как музеи и исторические места, принимают бизнес-модель, основанную на ожиданиях аудитории.По их мнению, аудитория будет состоять в основном из институциональных членов и групп по интересам. Вместо исторических толкователей на сайтах будут работать «фасилитаторы» взаимного обучения, чтобы помочь участникам ощутить «духовность» исторических мест. Сторонники «гражданского диалога» утверждают, что, как много правильных чувств по отношению к произведению искусства, так много исторических «истин». Они полагают, что каждый понимает прошлое так же авторитетно, как и все остальные, и, по словам председателя AASLH Барбары Франко, «роль историка или ученого в гражданском диалоге должна быть сосредоточена на создании безопасных мест для разногласий, а не на документировании фактов или достижении. связный тезис." 6

    Это понятие кажется его сторонникам великодушно демократичным, но, возможно, профессиональный опыт историка не ограничивает демократию. Это позволяет. 7 То есть в рациональном обществе, в котором мы берем «от каждого по его способностям» и даем «каждому по его потребностям», люди могут быть равны, но не все они обладают одинаковыми способностями. Врачи заботятся о больных, например, архитекторы проектируют здания, а историки исследуют и интерпретируют прошлое.Конечно, есть много разных историков, но хорошие из них признают, что в условиях демократии понимание, интерпретация и передача истории влекут за собой тяжелое бремя ответственности. Стоит только вспомнить прозрение Оруэлла о том, что «тот, кто контролирует настоящее, контролирует прошлое; тот, кто контролирует прошлое, контролирует будущее».

    Задумайтесь на мгновение, что большинство историков знают, что на отцов-основателей больше повлияло Просвещение, чем Библия, что Холокост действительно случился и что Саддам Хусейн никогда не планировал терактов 11 сентября.Конечно, есть много людей, которые понимают вещи иначе. Почему? Возможно, потому, что они находятся под влиянием тех, кто интерпретирует прошлое громче - хотя и менее рационально - чем другие, часто по радио, телевидению и в Интернете, или в церквях, барах и в ходе политических кампаний. Если мы ничему не научились за последние годы, так это тому, что история очень сильна и может быть опасна в чужих руках, будь то в местных сообществах или в столице страны. Кажется, что на идеализированном рынке, на котором каждый является своим экспертом и все идеи равны, самопровозглашенные защитники демократии могут узаконить свой потенциально неограниченный авторитет, не обосновывая свою истину объективными, научно определенными фактами, а выдумывая и продажа корыстных историй, которые играют на общественных страхах, предрассудках и жадности.Конечно, не все идеи равны. Историки это знают, и время от времени хочется, чтобы они с большей готовностью выполняли тяжелую работу, необходимую для установления того же авторитета среди неисториков, который они имеют между собой. В идеальном мире историки могли бы помочь санкционировать и ограничить социальную и политическую власть, обеспечив, чтобы понимание прошлого, на котором общественность формирует свое будущее, было фактическим, точным, понятным, значимым, полезным и устойчивым к циничным манипуляторам, торгующим змеиным маслом. как историческая правда.

    Ничего из этого не дает нам единого определения публичной истории, хотя это предполагает, что, по крайней мере, в условиях демократии, практикующие дисциплины являются педагогами, которые не отрицают свой опыт и не хранят его при себе. Независимо от того, работают ли они в классах, музеях или исторических местах, они с уважением слушают людей, с которыми они делятся авторитетом, и учатся у них, но, в конце концов, они берут на себя ответственность за внесение окончательных правок в историческое наследие сообщества (или страны). повествование.Разве это не то, что имели в виду историки XIX века, когда основывали Американскую историческую ассоциацию? Разве не парадоксально, что движение за публичную историю добьется успеха, когда мы вернемся во времена, когда потребность в определении «публичной истории» снова станет излишней?

    - Роберт Вейбл, бывший президент Национального совета по общественной истории, историк штата и главный хранитель Музея штата Нью-Йорк.

    Банкноты

    1. Кэти Стэнтон, "Что такое публичная история?" Redux, Public History News 27: ​​4 (сентябрь 2007 г.).

    2. Рональд Дж. Греле, «Чья публика? Чья история? Какова цель общественного историка?» Общественный историк 3: 1 (зима 1981 г.), 46.

    3. Чтобы получить представление о ранних отношениях между академиками и государственными и местными историками в AHA, см. Ian Tyrrell, «Good Beginnings: AHA и первая конференция исторических обществ, 1904 г.», History News 59: 4 (осень 2004 г.) ), 21–24. Между тем Организация американских историков не была преимущественно научной группой, как сегодня, когда она была основана как Историческое общество долины Миссисипи.Это также способствовало установлению тесных отношений между учеными, ориентированными на науку и национальную принадлежность, и членами исторического общества, ориентированными на регион. См. Иэн Тирелл, «Публика при сотворении мира: место, память и историческая практика в Исторической ассоциации долины Миссисипи, 1907–1950», журнал Journal of American History 94: 1 (июнь 2007 г.), 19–46.

    4. См. Дуайт Т. Питкэйтли, «Государственное образование и Служба национальных парков: интерпретация гражданской войны», Perspectives ноябрь 2007 г.

    5. Майкл Фриш, Общий авторитет: Очерки ремесла и значения устной и публичной истории (Олбани: Государственный университет Нью-Йорка, 1990).

    6. Джон Дурел и Анита Новери Дурел, «Золотой век исторической собственности», History News 62: 3 (лето 2007 г.), 7–15; и Барбара Франко, «Публичная история и гражданский диалог», OAH Newsletter 34: 2 (май 2006 г.), 3.

    7. См. Кевин Маттсон, «Книга либеральных добродетелей», Американский проспект , 17: 2 (февраль 2006 г.).

    Можно ли думать без языка?

    Язык настолько глубоко укоренился почти во всех аспектах нашего взаимодействия с миром, что трудно представить, каково было бы его не иметь. Что, если бы у нас не было названий для вещей? Что, если бы у нас не было опыта делать заявления, задавать вопросы или говорить о вещах, которых на самом деле не произошло? Сможем ли мы думать? На что были бы похожи наши мысли?

    Ответ на вопрос, возможно ли мышление без языка, зависит от того, что вы подразумеваете под мыслью.Можете ли вы испытывать ощущения, впечатления, чувства без языка? Да, и мало кто будет спорить иначе. Но есть разница между способностью испытывать, скажем, боль или свет, и обладанием понятиями «боль» и «свет». Большинство скажет, что истинное мышление предполагает наличие концепций.

    Многие художники и ученые, описывая свои внутренние процессы во время работы, говорят, что они используют не слова для решения проблем, а изображения. Автор-аутист Темпл Грандин, объясняя, как она думает визуально, а не лингвистически, говорит, что концепции для нее - это коллекции изображений.Ее концепция «собаки», например, «неразрывно связана с каждой собакой, которую я когда-либо знал. Как будто у меня есть карточный каталог собак, которых я видел, с картинками, который постоянно увеличивается по мере того, как я добавляю новые примеры. моя видеотека ". Конечно, у Грандин есть язык и она знает, как им пользоваться, поэтому трудно сказать, насколько он повлиял на ее мышление, но не исключено - и, вероятно, вероятно, - что есть люди, которым не хватает способностей к языку. используйте язык и думайте так, как она описывает.

    Есть также свидетельства того, что глухие люди, лишенные возможности говорить или жесты, мыслят сложными способами еще до того, как познакомились с языком. Когда они позже изучают язык, они могут описать свои мысли, подобные мыслям 15-летнего мальчика, который писал в 1836 году, получив образование в школе для глухих, о том, что он вспомнил, что думал в его доязыковые дни ", что возможно, луна ударит меня, и я подумал, что, возможно, мои родители были сильны, и будут бороться с луной, и она потерпит неудачу, и я издевался над луной.Кроме того, спонтанные языки жестов, разработанные глухими учениками без языковых моделей в таких местах, как Никарагуа, демонстрируют тип мышления, выходящий далеко за рамки простого сенсорного впечатления или решения практических задач.

    Однако, хотя кажется, что мы действительно можем мыслить без языка, также верно и то, что существуют определенные виды мышления, которые становятся возможными благодаря языку. Язык дает нам символы, которые мы можем использовать, чтобы закрепить идеи, поразмышлять над ними и продемонстрировать их для наблюдения.Это допускает уровень абстрактных рассуждений, которых мы не имели бы в противном случае. Философ Питер Каррутерс утверждал, что существует тип внутреннего, явно лингвистического мышления, который позволяет нам воплощать наши собственные мысли в сознательное осознание. Мы можем думать без языка, но язык позволяет нам знать, что мы думаем.

    Можно ли вести справедливую кибервойну?

    1. Агрессия

    По законам войны исторически существует только одна «правовая причина» войны: защита от агрессии, как упоминалось ранее.Но поскольку агрессия обычно понимается как прямая угроза жизни людей, становится трудно оправдать военный ответ на кибератаку, которая не причиняет кинетического или физического ущерба, как в обычном или клаузевицком смысле, например, нарушение работы компьютерной системы. или инфраструктура, которая напрямую никого не убивает. Кроме того, в киберпространстве может быть трудно отличить атаку от шпионажа или вандализма, ни того, ни другого исторически недостаточно, чтобы вызвать военный ответ.Например, умная кибератака может быть незаметной, и ее трудно отличить от обычных поломок и неисправностей.

    Если агрессия в киберпространстве не связана с реальным физическим вредом или угрозой жизни, тогда неясно, как мы должны понимать это.

    Если агрессия в киберпространстве не связана с реальным физическим вредом или угрозой жизни, тогда неясно, как мы должны это понимать. Считается ли агрессией, когда в компьютерной системе установлено вредоносное ПО, которое, по мнению злоумышленника, сработает? Или, может быть, сама установка вредоносного программного обеспечения является атакой, очень похожей на установку наземной мины? А как насчет безуспешных попыток установить вредоносное ПО? Считаются ли они агрессией, провоцирующей войну, или просто преступлениями, не подпадающими под действие законов войны? Традиционная военная этика ответит на все эти вопросы отрицательно, но в дебатах о легитимности превентивной и превентивной войны ответы более сложные и труднодостижимые.

    Соответственно, поскольку большинство кибератак напрямую не нацелены на жизни, являются ли они столь же серьезными, как обычные атаки? Организованный кибервандализм может иметь серьезные последствия, если он мешает обществу удовлетворять основные человеческие потребности, такие как обеспечение продуктами питания. Менее серьезным, но все же серьезным случаем были кибератаки с отказом в обслуживании на веб-сайты медиа-инфраструктуры в стране Грузии в 2008 году, которые помешали правительству общаться со своими гражданами.

    2. Дискриминация

    Законы войны запрещают нападения на мирных жителей, поскольку они не представляют военной угрозы.Большинство теоретиков допускают «двойной эффект», при котором некоторым некомбатантам может быть непреднамеренно причинен вред, то есть сопутствующий ущерб, при преследовании важных военных целей, хотя другие ученые отстаивают более строгие требования и большую защиту для мирных жителей. Некоторые ставят под сомнение, действительно ли небоевой иммунитет является первостепенной ценностью, но этот вопрос, несомненно, занял центральное место в теории справедливой войны и, следовательно, в законах войны.

    Неясно, насколько дискриминационной может быть кибервойна.Если жертвы используют фиксированные интернет-адреса для своих ключевых инфраструктурных систем, и злоумышленник может их найти, то они могут быть точно нацелены. Однако жертвы вряд ли будут так сговорчивы. Следовательно, эффективные кибератаки должны искать цели и распространять атаку, но, как и в случае с биологическими вирусами, это создает риск распространения на мирных жителей: хотя некомбатанты могут и не стать мишенями, также нет никаких гарантий, помогающих избежать их. В 2010 году червь Stuxnet был предназначен для поражения иранских предприятий по переработке ядерных материалов, но он распространился далеко за пределы намеченных целей.Хотя его ущерб был сильно ограничен, его быстрое и широкое заражение через уязвимости в операционной системе Microsoft Windows было замечено и потребовало обновлений антивирусного программного обеспечения по всему миру, что повлекло за собой расходы почти для всех. Червь также вдохновил на умные идеи для новых эксплойтов, которые используются в настоящее время, что дорого обходится всем. Возможно, тогда Stuxnet действительно понес побочный ущерб.

    Можно ли восстановить точную клеточную линию с помощью регистраторов CRISPR?

    Как вы увидите, рецензенты согласны с тем, что эта работа является ценным дополнением к быстрорастущей области регистраторов CRISPR и отслеживания происхождения.Каждый из них также вызывает озабоченность по поводу представленных результатов и их интерпретации. В частности, был достигнут четкий консенсус относительно соответствующего определения и требований к «точной» реконструкции родословной, обоснования используемых алгоритмов реконструкции дерева и методологий, используемых для анализа редактирования в целевых массивах дрозофилы. Рецензент 2 также имеет конкретные предложения по названию. Мы надеемся, что эти моменты будет легко оценить в отредактированной рукописи.

    Благодарим рецензентов за конструктивные комментарии.Мы отредактировали рукопись, чтобы рассмотреть и прояснить поднятые вопросы, уделяя особое внимание оценке и интерпретации точности, а также уточнению нашей методологии.

    Важные сообщения нашей статьи заключаются в следующем: всегда будет минимальный уровень точности, который должен быть достигнут, если реконструированные родственные отношения должны интерпретироваться уверенно; что это будет зависеть от проблемы; и что это требование необходимо учитывать при разработке эксперимента по клонированию.

    Наличие меры точности реконструкции родословной является важной основой для сравнения различных конструкций записывающих устройств и для прогнозирования эффектов различных биологических факторов.

    Все рецензенты прокомментировали значение показателей точности, задав вопрос о том, какой уровень точности потребуется для того, чтобы этот подход к генеалогии был полезным. Мы не можем дать единообразный ответ на этот вопрос, потому что требуемый уровень точности будет зависеть от задаваемых вопросов и биологических выводов, сделанных на основе клеточного происхождения.Исследователи должны будут оценить уровень точности происхождения, необходимый для ответа на заданный вопрос, в каждом конкретном случае.

    Чтобы расширить и прояснить наши измерения точности происхождения, в исправленную рукопись мы включаем следующие новые результаты:

    1) В дополнение к нашему глобальному показателю точности мы предоставляем оценки точности родословной на разных уровнях дерева родословной. Это дает представление о точности для больших (ранних) клонов по сравнению с более мелкими (более поздними) клонами.

    2) Мы разработали новую меру точности реконструкции, которую мы можем применять на всех уровнях дерева родословной, чтобы дополнить нашу глобальную меру точности дерева. Эта мера может показать, как информационное содержание целей уменьшается во время разработки, когда цели становятся насыщенными.

    3) Мы расширили оценки ложноположительных и ложноотрицательных результатов (показатель, который, по мнению обозревателей, полезен для понимания влияния точности) на все наши основные модели, и мы предоставляем оценки ложноположительных и ложноотрицательных результатов для различных размеров клонов.

    Отдельных отзывов (ответьте по каждому пункту):

    Рецензент № 1:

    За последние несколько лет наблюдается бурный рост исследований по отслеживанию происхождения CRISPR. Однако оценить «точность» этих реконструкций линий передачи сложно, потому что правильная линия передачи обычно неизвестна. В этом исследовании авторы в основном используют вычислительные подходы, а также некоторые экспериментальные данные на эмбрионах дрозофилы, чтобы оценить различные параметры, которые влияют на точность реконструкции, такие как скорость мутаций, скорость деления клеток, мутационное разнообразие и другие.

    Некоторые мысли для авторов: что является достаточно точным с практической точки зрения?

    Наша конечная цель - получить точное дерево родословных для всего эмбриона, но мы понимаем, что менее точные / разрешенные деревья также могут быть полезны, в зависимости от задаваемых биологических вопросов.

    Мы поясняем это в отредактированной рукописи следующим образом:

    1) Уже во введении мы заявляем: «Конечно, требуемая точность будет зависеть от предполагаемого использования линии передачи».

    2) В Обсуждении мы добавили: «Требуемая точность линии передачи будет зависеть от приложения; например, точные деревья будут необходимы для обнаружения стереотипных делений и клеточных судеб, таких как те, что обнаружены в предшественнике сенсорного органа Drosophila и линиях нейробластов ЦНС, но менее точные деревья могут быть достаточными для выявления предубеждений / тенденций, отражающих основные обязательства клонов ».

    В эксперименте, где «настоящее» дерево неизвестно, как исследователи определяют соответствующие параметры?

    В некотором смысле это то, что мы делаем, поскольку дерево эмбриональных линий Drosophila неизвестно (на самом деле родословная не является стереотипной, она варьируется у каждого человека).Мы получаем как можно больше информации из экспериментальных данных и знаний о биологии мух и включаем эти параметры (скорость мутаций, мутационное разнообразие, скорость деления клеток) в наши модели для моделирования реконструкции этого неизвестного дерева.

    В случаях, когда трудно определить скорость деления клеток, моделирование позволяет нам оценить ожидаемые уровни точности для ряда параметров. Как мы объясняем ниже (в ответ на пункт 5), мы обнаруживаем, что даже когда частота мутаций не может быть точно сопоставлена ​​со скоростью деления клеток, реконструкция клонов может быть довольно точной при наличии достаточного количества мишеней.

    Являются ли некоторые устройства записи CRISPR принципиально лучше, чем другие, и предлагает ли это исследование лучший подход?

    Наше исследование предполагает, что конструкция регистратора важна, и что корректировка числа мишеней, частоты мутаций и количества выпадений будет иметь большое влияние на реконструкцию клонов с любым типом регистратора. Это сообщение ясно видно по всей рукописи.

    Различные реализации записывающего устройства (GESTALT, MEMOIR, ScarTrace, LINNAEUS…), вероятно, будут отличаться по производительности, и это будет во многом зависеть от конкретных целевых чисел, частоты мутаций и т. Д.В этой рукописи мы специально тестируем работу двух опубликованных рекордеров (GESTALT и MEMOIR). Мы полагаем, что моделирование было бы полезным для тестирования любой конструкции записывающего устройства.

    Основные комментарии:

    1) Недавно было проведено систематическое наблюдение за van Overbeek et al., 2016, Leopold Parts в Sanger (Allen BioRxiv 2018), в котором использовался большой набор данных для обеспечения инструмента прогнозирования распределения indel. Было бы очень интересно рассмотреть это для конкретных последовательностей-мишеней и обсудить «оптимизированные» спейсерные последовательности для регистраторов CRISPR, которые обладают более высоким мутационным разнообразием, чем другие.

    Действительно, исследование Allen et al. (и два других недавно опубликованных исследования, Shen et al. и Chen et al.) предполагают, что на разнообразие и относительную частоту мутационных исходов влияют целевая и фланкирующая последовательности. Мы согласны с тем, что это будет важно учитывать при разработке последовательностей записывающих устройств. Эти прогнозы необходимо будет проверить экспериментально на соответствующих видах и в контексте геномного локуса, в котором находится регистратор CRISPR.

    В отредактированном тексте мы подтверждаем это следующим образом: «Если, как и ожидалось, разнообразие мутаций и их относительная частота варьируются в зависимости от целевой последовательности и ее локальной среды (Overbeek et al., 2016; Vu et al., 2017; Allen et al., 2018; Shen et al., 2018; Chen et al., 2018) выборка различных целей для достижения этого оптимума была бы целесообразной ».

    2) Обоснование предположения, что регистраторы CRISPR генерируют необратимые мутации-мишени, неясно.Например, может быть "обратная скорость", когда мутировавшая цель, которая создает одно основание, все еще может быть распознана Cas9 после деления клетки.

    Насколько нам известно, не проводилось систематических исследований, направленных на изучение эффективности повторного нацеливания на мутированные сайты одной и той же гРНК. Однако мы ожидаем, что частота реверсий будет очень низкой, поскольку (1) после мутации большинство мишеней имеют множественные несовпадения с гРНК вблизи сайта расщепления CRISPR (Allen et al., 2018), и ожидается, что эти сайты будут нацелены с очень низкой эффективностью по сравнению с немутантными мишенями (Hsu et al., 2013), (2) даже одиночные нуклеотидные несоответствия рядом с сайтом расщепления могут быть вредными для нацеливания CRISPR (см. Hsu et al. ., 2013 и наши результаты) и (3) даже когда мутировавшие мишени повторно расщепляются, подавляющее большинство не вернется к немутированной последовательности (см. Результаты мутаций в Allen et al., 2018). Основываясь на этих данных, мы оцениваем, что частота реверсии будет намного ниже, чем 1% от частоты прямой мутации.По этим причинам мы считаем, что скорость реверсии незначительна. «Необратимость» кажется разумным приближением при моделировании мутационного процесса и реконструкции клонов.

    Мы добавили к Результатам предложение по этому поводу: «Мы ожидаем, что частота реверсий будет незначительной, поскольку даже однонуклеотидные изменения приводят к значительному снижению частоты мутаций».

    3) Почему объединение соседей выбрано из-за экономии (и из-за нескольких других возможных алгоритмов?). Этот вопрос следует подробнее рассмотреть.Могут ли авторы использовать свои идеи для улучшения этих алгоритмов реконструкции для решения проблем, связанных с регистраторами CRISPR?

    Выбор NJ вместо Parsimony был практичным. Мы показали, что метод экономии в среднем будет немного точнее, чем в Нью-Джерси, однако он значительно медленнее. Теперь мы количественно определили разницу в скорости. В отредактированной рукописи мы показываем, что время, затрачиваемое методом экономии, экспоненциально увеличивается с глубиной клона, так что реконструкция клона всего из 180 клеток занимает ~ 52 часа (Рисунок 2 - приложение к рисунку 1B).С помощью NJ то же дерево можно восстановить менее чем за 1 секунду.

    Хотя, возможно, стоит попытаться использовать экономию с реальным набором данных (вероятно, потребуется использовать двухэтапный эвристический подход и создать начальное дерево наилучшего предположения с использованием NJ с последующей оптимизацией с использованием критерия экономичности и обмена ветвями), Для наших целей сравнения тысяч различных симуляций важно иметь хороший метод, а также иметь такой, который поддается вычислению.Большая часть нашего анализа касается сравнения эффектов различных дизайнов и различных параметров на точность реконструкции родословной, и выводы остаются в силе до тех пор, пока метод реконструкции дерева является непротиворечивым.

    В исправленной рукописи мы обращаемся к этому вопросу следующим образом:

    1) Мы приводим более подробное сравнение точности методов NJ и Parsimony (Рисунок 2 - приложение к рисунку 1A и B). Мы обнаружили, что Parsimony работает на 5-10% лучше, чем NJ для деревьев, содержащих до 180 ячеек.

    2) Обосновываем выбор NJ в разделе «Материалы и методы».

    4) Выбранное определение «точности» кажется проблематичным, потому что оно обычно не делает различий между ложноположительными и ложноотрицательными событиями реконструкции. Это кратко рассмотрено на рисунке 7, но его следует расширить.

    Робинсона-Фулдса - это стандартная метрика, которая широко используется для сравнения деревьев в филогенетике. Мы приняли метрику, относящуюся к Робинсону Фулдсу, которая дает процент правильно решенных разбиений в качестве глобальной меры точности дерева.Это подходит для сравнения общей точности реконструкции родословной, достигнутой в различных условиях. Это было разъяснено в рукописи.

    Как было предложено, мы расширили использование ложноположительных и ложноотрицательных результатов - альтернативной меры точности дерева, предназначенной для более легкой интерпретации в контексте развития. Наше первоначальное использование ложноположительных и ложноотрицательных результатов рассматривало как клоны только одного размера. Теперь мы расширили подход FP / FN, чтобы охватить несколько клонов разного размера, и применили этот расширенный подход к моделированию рекордера CRISPR с 32 мишенями с оптимизированной частотой мутаций с отключениями и без них, к GESTALT и MEMOIR (Раздел «Точность измерения на разной глубине дерева »и рис. 9 в переработанной рукописи).

    Наконец, чтобы обеспечить более полную оценку точности на разных глубинах дерева клонов, мы теперь записываем, как способность реконструировать клеточный клон меняется по дереву по мере прохождения процесса накопления мутаций (см. «Квартетный анализ»). Мы представляем этот анализ для моделирования рекордера CRISPR с 32 мишенями с оптимизированной частотой мутаций с отсевами и без них, для GESTALT и MEMOIR (рис. 8 в исправленной рукописи).

    5) Авторы показывают, что установка правильной скорости мутации имеет значение.Как можно сопоставить частоту мутаций со скоростью деления клеток, если скорость или интервал клеточных делений неизвестен / сам по себе изменчив (например, в опухоли)? Об этом стоит поговорить.

    Одним из важных результатов нашего моделирования было показать, что диапазон скоростей мутаций, которые производят аналогичную точную реконструкцию клонов, может быть довольно широким (см. Рис. 2C, D). Таким образом, даже если частота мутаций не может быть точно согласована со скоростью деления клеток (например, когда они неизвестны или варьируются в пределах дерева), несоответствие между частотой мутаций и ожидаемой скоростью деления клеток будет иметь относительно ограниченное влияние на общую точность в довольно широком диапазоне. пределы.

    Мы добавили к тексту следующее, чтобы прояснить его: «Диапазон скоростей мутаций, которые могут дать точную реконструкцию родословной, к счастью, оказывается довольно широким для данного размера дерева; Мутации от 0,05 до 0,25 на деление клетки могут дать достаточно высокий уровень точности для деревьев из ~ 65 000 клеток, если скорости деления относительно равны (рис. 2C, D). Такая гибкость будет полезна в случаях, когда скорость деления клеток плохо охарактеризована ».

    Рецензент № 2:

    Рукопись «Можно ли восстановить точную клеточную линию с помощью регистраторов CRISPR?» использует моделирование и некоторые экспериментальные данные для тщательного изучения параметров, определяющих точность отслеживания происхождения CRISPR.Они определяют и анализируют четыре ключевых параметра для двух типов регистраторов CRISPR: количество целей, скорость мутаций, состояния мутационных символов и отсевы. Эта работа важна и ценна для растущего сообщества, изучающего потенциал рекордеров CRISPR. Он обеспечивает путь для будущей оптимизации инструментов отслеживания происхождения этого типа. По большей части надписи и цифры ясны и информативны. У меня есть пять основных проблем, перечисленных ниже.

    1) Провокационное название в форме вопроса несколько вводит в заблуждение - да? Рукопись не дает прямого ответа на этот вопрос.Я бы предложил более точное название, например: «Конструктивные спецификации для более точных регистраторов CRISPR».

    Мы думаем, что название рукописи («Можно ли восстановить точную клеточную линию с помощью регистраторов CRISPR?») Точно описывает вопрос, который мы рассматриваем в этой работе. Ответ на этот вопрос не является простым ответом «да / нет», а зависит от размера и сложности линии передачи, конструкции записывающего устройства и требуемого уровня точности.В нашей статье рассматриваются эти вопросы.

    2) У меня есть две проблемы с термином «точность».

    Первое беспокойство: авторы должны заранее четко указать свое определение термина «точность», которое включает как ложные срабатывания, так и ложные отрицания. Я бы сказал, что ложные срабатывания (неправильные точки ветвления) хуже, чем ложноотрицательные (т.е. отсутствующие точки ветвления). Разве в «точном» дереве не может быть недостающих точек ветвления, но нет неправильных точек ветвления? Авторы кратко описывают это различие, но только в самом конце раздела «Результаты», а затем вычисляют эти баллы «точности» только для подхода последовательного определения последовательности SOLID.Я был бы признателен за более подробное обсуждение этого определения и оценки в начале результатов, а также расчет FP / FN и отчет для всех симуляций.

    См. Выше наш ответ по этому поводу рецензенту 1. Как объяснено в разделе «Материалы и методы» и показано на рисунке 9 - добавление к рисунку 1, и FP, и FN получены из несоответствия между истинным деревом и реконструированным деревом. Ложноотрицательные ячейки не отсутствуют в дереве, а отсутствуют в реконструированной кладе / клоне, к которому они принадлежат (они неправильно размещены в другом месте дерева).

    Вторая проблема: в целом, насколько точными нам нужны записывающие устройства CRISPR? Авторы установили высокую планку: полное и точное отслеживание происхождения 65 000 клеточного дерева. Достаточно ли 4% или 14% (окончательные «баллы», выставленные MEMOIR и GESTALT) для многих научных приложений? Это, безусловно, лучше, чем почти все существующие методы отслеживания происхождения, благодаря которым мы многое узнали о биологии. Я был бы признателен за обсуждение того, почему 100% полные и точные деревья являются такой важной целью, и чему мы можем научиться у менее точных деревьев.

    Мы согласны с тем, что для решения разных проблем требуются разные точности определения линий. Мы подробно обсуждаем этот вопрос и отвечаем на него в нашем ответе рецензенту 1 (выше).

    3) Меня беспокоят три этапа подготовки библиотеки или фильтрации при секвенировании массива целевых сайтов Drosophila, которые четко не объяснены в тексте, что может уменьшить количество состояний символов, используемых во всех следующих имитациях:

    a) Для вызова состояний символов - почему использовать только 9bp для фланкирования целевого сайта вместо простого выравнивания каждого чтения с неотредактированными сайтами? Я предполагаю, что это устранит некоторые состояния персонажа.

    Действительно, мутации иногда выходят за пределы окна обнаружения в 9 п.н., поэтому важно спросить, было бы более полезным окно большего размера. Как указал рецензент 3, компромисс для увеличения окна обнаружения состоит в том, что больше ошибок последовательности будет захвачено и засчитано как ложные состояния символа.

    Мы учли два момента, выбирая окно в 9 б.п. Во-первых, природа мутаций, индуцированных CRISPR, такова, что мутации сосредоточены в сайте расщепления.По нашим оценкам, мутации, выходящие за пределы этого окна обнаружения, имеют меньшую частоту, чем частота ошибок секвенирования (<0,4% мутаций пропускаются с окном 9 п.н.). Во-вторых, мутации, выходящие за пределы 9 пар оснований, представляют собой делеции (и несколько вставок), которые обычно вносят уникальные последовательности в окно обнаружения 9 пар оснований (см. Allen et al. 2018). Мы ожидаем, что все эти изменения будут обнаруживаться как отдельные мутации.

    Как предполагает рецензент, когда мы рассматриваем только 9 нуклеотидов, мы не можем отличить некоторые различные мутации друг от друга.Это может повысить уровень гомоплазии и снизить точность.

    Наш анализ мутаций, зафиксированных при чтении 18 п.н. по сравнению с 9 п.н., показал, что мы неправильно группируем 4 пары состояний символов. Однако чтение 18 п.н. вносит дополнительные ошибки секвенирования: при чтении 18 п.н. ошибка секвенирования увеличится с 1,1% до 2,2%.

    Чтобы количественно оценить общий эффект на точность определения линии, мы сравнили точность реконструкции линии с использованием 9 п.н. с тем, что мы получили бы с использованием 18 п.о.Средняя точность улучшается незначительно, с 72,19% до 72,24%.

    Эти результаты включены в исправленную рукопись на рис. 4 - приложение к рисунку 1.

    b) Если я понимаю фиг. 4A, авторы используют праймер, который находится непосредственно на результатах мутации PAM, которые нарушают любые основания внутри PAM, вероятно, не будут захвачены с помощью ПЦР и секвенирования. Могут ли авторы обсудить влияние этого?

    Мишени были амплифицированы и секвенированы с использованием праймеров, расположенных на расстоянии> 40 нуклеотидов от каждого сайта-мишени.«Праймер», показанный на фиг. 4A, является неправильным и был удален. Приносим извинения за эту ошибку.

    В разделе «Выделение ДНК, создание библиотек и секвенирование» Материалов и методов мы более четко объясняем использование праймеров для амплификации и секвенирования.

    c) Зачем объединять 140 состояний редких символов в общее состояние (состояние 60)? Это, очевидно, приведет к ошибкам в дереве. Почему бы не относиться к ним так же, как к другим состояниям персонажа? Авторы пишут, что это было «для удобства», но я не уверен, почему это удобно, и это может быть потенциальным источником ложных срабатываний.

    Я считаю, что в других документах показано большее количество потенциальных состояний персонажа, и я обеспокоен тем, что перечисленные выше шаги могут повлиять на моделирование.

    Как мы упоминали в разделе «Реконструкция деревьев происхождения с помощью соединения соседей (PAUP *)» из материалов и методов, максимальное количество различных состояний символа, которые мы могли использовать в программе анализа PAUP *, составляло 64.

    Мы можем показать, что есть убывающая отдача от использования большего разнообразия состояний характера; например, сравните очень похожие результаты при рассмотрении состояний 16 и 32 символов на рисунке 2C.Мы проверили это дальше, сравнив наши результаты с 60 мутировавшими состояниями символов со случаем, когда мы сокращаем данные до 40 состояний символов (собирая вместе результаты с наименьшей частотой). Точность оптимальной реконструкции изменяется с 72% до 71% (Рисунок 4 - приложение к рисунку 1).

    4) Авторы, по их собственному признанию, используют «самую пессимистичную оценку» частоты отсева. Вполне возможно, чтобы два разреза в пределах клеточного цикла приводили к двум изменениям вместо исключения.Рассматривали ли авторы явное использование своих собственных экспериментальных данных (даже с оговорками о подготовке библиотеки) или данных GESTALT для моделирования показателей отсева? Поскольку это предположение сильно влияет на точность, казалось бы, важно соблюдать осторожность при моделировании отсева.

    Мы смоделировали GESTALT на основе экспериментальных данных. При моделировании наихудшего сценария отсева мы наблюдаем очень похожее количество аллелей на экспериментальные данные, предполагая, что реальность приближается к наихудшему случаю (см. Рисунок 6 - приложение к рисунку 1).

    Для Drosophila у нас нет экспериментальных данных относительно отсева, но мы предоставляем результаты, охватывающие как лучшие, так и худшие сценарии.

    5) Выбор алгоритма восстановления дерева имеет значение. В их собственном моделировании Parsimony оказывается более успешным, чем Neighbor Joining (рисунок 2 - приложение к рисунку 1). Тем не менее, это никогда не было явно указано в тексте, и нет обсуждения выбора алгоритма и его влияния на точность. Хотя штат Нью-Джерси был выбран по очевидным причинам (скорость), авторы должны подробно обсудить другие варианты и их влияние на точность дерева.

    Мы обращаемся к этому моменту в нашем ответе рецензенту 1. Мы добавили новые результаты на рис. 2 - приложение к рисунку 1A и B, а также явное заявление в раздел «Материалы и методы».

    Незначительные комментарии:

    1) В подходе GESTALT с культивированием клеток также использовалась аналогичная стратегия набора нецелевых и 1 направляющей РНК, и на это следует ссылаться при обсуждении конструкции массива мух вместе с предостережениями, связанными с этим подходом (плохое редактирование на многих нецелевых объектах). ).

    Мы добавили эту цитату в отредактированную рукопись: «Мы решили скорректировать частоту мутаций, изменив последовательность-мишень, чтобы ввести несовпадения в пару sgRNA: мишень (аналогично стратегии, используемой для культивируемых клеток McKenna et al., 2016) ».

    Мы не считаем плохую скорость редактирования некоторых целевых вариантов проблемой. Цель этого массива состояла в том, чтобы измерить фактическую частоту мутаций на различных мишенях, что позволило нам выбрать мишени, которые соответствуют оптимальным показателям для реконструкции клонов.Фактические регистраторы включают в себя массивы выбранной цели и не содержат субоптимальных целей.

    2) В статье MEMOIR подробно рассматривается точность реконструкции деревьев, включая сравнения с опорными деревьями. Эти данные и обсуждения должны быть упомянуты в этом документе.

    Мы благодарим рецензента за указание на это. Мы включили ссылки на Frieda et al., 2017 (MEMOIR), Schmidt et al., 2017 и Spanjaard et al., 2018 в исправленную рукопись (Введение, абзац пять).

    Рецензент № 3:

    В этой рукописи Сальвадор-Мартинес и Грилло и др. представить имитационное исследование недавно разработанных технологий отслеживания происхождения CRISPR. Авторы хорошо справляются с постановкой задачи, объясняя свой выбор различных параметров и допущений и добавляя экспериментальные данные на Drosophila, чтобы подкрепить этот выбор. Эта работа станет ценным дополнением к быстро развивающейся области, особенно в качестве реальной проверки степени инженерии организмов, которая, вероятно, потребуется для получения почти полных, точных деревьев с помощью этого класса методов.Наш первый важный комментарий касается тона статьи, в то время как наши дополнительные важные комментарии в первую очередь касаются альтернативных мер, которые должны быть оценены, которые обеспечивают больший баланс между строгой точностью и общим сохранением топологии дерева. Кроме того, перед публикацией следует устранить некоторые основные недостатки в дизайне экспериментов и анализе результатов редактирования у Drosophila.

    1) Первый важный комментарий заключается в том, что мера точности, используемая в статье, очень консервативна, и в целом тон, который используется во многих частях статьи, (мы считаем) чрезмерно консервативным.Хотя строгая точность и полнота - это, конечно, цели, к которым стоит стремиться, они не являются предпосылками подобных экспериментов для достижения биологических открытий. Например, родственные связи между типами клеток могут быть точно выведены из общей топологии дерева, которое содержит неточности или неопределенность около его вершин.

    Как обсуждалось в нашем ответе рецензенту 1, мы постарались внести ясность в отношении того факта, что требуемый уровень точности будет зависеть от приложения.

    Одним из наиболее важных выводов нашего исследования является желательность проведения такого анализа мощности в качестве инструмента для оптимизации плана эксперимента и для оценки надежности конечного результата.

    Для любой новой технологии исследования по проверке концепции - это всего лишь доказательство концепции, и всегда было ясно, что потребуется (и все еще требуется) значительный дополнительный инжиниринг, чтобы максимизировать ценность этих методов. Этот момент не умаляет ценности моделирования, представленного в этой статье.Более оптимистичный подход к тем же результатам заключается в том, что можно реконструировать большие деревья с достаточно высокой точностью (отлично!), Но для этого потребуется введение как минимум 50 целей (а в идеале несколько сотен целей), настройки скорости мутации. (хотя широкое плато, представленное на рис. 2D, весьма обнадеживает), а также внимательное рассмотрение переменных скоростей деления клеток. Эти выводы и другие анализы, представленные в документе, служат важным руководством для данной области (и проверкой реальности на фоне краткосрочного мышления), но документ часто приобретает негативный тон, который, на наш взгляд, несовместим с самими результатами (например,грамм. тот факт, что определены условия, при которых достигается реконструкция с точностью 99%; подраздел «Оптимизация реконструкции клеточного клона для секвенирования in situ с 2-, 4- или 16-символьными состояниями», абзац шесть). Мы призываем авторов: (а) прояснить с самого начала статьи, насколько точность, как определено здесь, является весьма консервативным определением по сравнению с тем, что может потребоваться для получения биологической информации по деревьям, реконструированным с помощью ГЕСТАЛЬТА или связанные методы.

    См. Наш ответ рецензенту 1.

    (b) задает более сбалансированный тон, с меньшим акцентом на то, что невозможно использовать системы, как указано в их пилотных реализациях, и больший акцент на пути вперед, то есть степени, в которой дальнейшее проектирование (больше целей , уменьшение межсайтовых делеций, настройка скорости мутаций и т. д.), чтобы получить максимальную отдачу от этих методов.

    В рукописи оценивается точность текущих методов, не комментируя, что возможно, а что нет.Мы подробно обсуждаем способы улучшения регистраторов CRISPR и количественно оцениваем ожидаемые улучшения производительности. Мы пришли к выводу, что методы на основе CRISPR должны в конечном итоге позволить нам создавать точные деревья происхождения.

    Последний абзац рукописи был изменен, чтобы дать четкий положительный ответ на вопрос, поставленный в заголовке: «Этот подход должен стимулировать разработку нового поколения рекордеров CRISPR, производительность которых будет явно оцениваться и адаптироваться для соответствия биологическим под рукой.Наше исследование предсказывает, что оптимизированные регистраторы в конечном итоге позволят реконструировать точные клеточные линии сложных многоклеточных организмов на уровне одной клетки ».

    2) Моделирование технологий отслеживания происхождения на основе CRISPR в первом разделе (рисунок 2) фокусируется на точности с помощью Робинсона-Фулдса, но должно включать характеристику с измерениями клональной реконструкции (анализ FP / FN). Эти измерения используются позже в разделе моделирования MEMOIR, и многие люди будут заинтересованы в использовании технологий отслеживания происхождения для этой цели.Упоминание или сравнение с другими показателями расстояния может быть более подходящим, см. Https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21383415 или обзор https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ 25378436

    Как обсуждалось в ответах рецензентам 1 и 2, теперь мы расширили использование ложноположительных и ложноотрицательных результатов. Хотя существуют другие меры сходства деревьев, мы ожидаем, что их использование не изменит наших выводов относительно оптимального значения для данного параметра.

    3) Вы показываете более высокую точность с максимальной экономией, но используете соединение соседей по всей статье.Важно убедительное обоснование этого выбора, поскольку это, по-видимому, сильное предубеждение против методов, которые вы оцениваете.

    Мы рассмотрели это в нашем ответе судье 1 (пункт 3).

    4) Робинсон-Фулдс - это метрика расстояния, и здесь вы нормализовали ее с точностью более [0–100%], которая нигде в статье не подробно описывается. Подробности в разделе «Материалы и методы» улучшат ясность статьи.

    Теперь мы уточнили, что наша мера связана с метрикой расстояния Робинсона-Фулдса, но отличается от нее.Мы заявляем: «Точность реконструкции происхождения каждой симуляции определялась путем сравнения выведенного дерева с эталонным деревом с использованием меры, полученной из алгоритма Робинсона-Фулдса (Робинсон и Фулдс, 1981), который вычисляет процент расщеплений в эталонном дереве. дерево, которые точно восстанавливаются в выведенном дереве (рис. 2B). Если выведенное дерево идентично опорному дереву, точность Робинсона-Фулдса составляет 100% ».

    В разделе «Материалы и методы» мы заявляем: «Точность реконструкции каждой клеточной линии была определена путем вычисления меры, связанной с расстоянием Робинсона-Фулдса (RF) между эталонным и предполагаемым деревьями.Мы подсчитываем процент разбиений (наборов ячеек, разделенных на две группы узлом в дереве) в ссылочном дереве, которые также встречаются в предполагаемом дереве ».

    5) Подсчет 9меров - это немного либерально для определения результатов редактирования на основе целевой последовательности FAST. Учитывая известное расположение двухцепочечных разрывов и результаты восстановления, большинство результатов мутаций должно быть сосредоточено в разрезе или перекрывать его. При включении всех 9 проксимальных оснований захваченное разнообразие редактирования будет включать ошибки секвенирования и ошибки ПЦР.Это не должно повлиять на общий профиль результатов редактирования, но увеличит количество мутаций, и это следует упомянуть. Об этом свидетельствует повышенная частота мутаций в неармеченном столбце дополнительной таблицы 1 в дополнительном файле 1, поскольку некоторые из более активных нецелевых объектов имеют изменения в основаниях, которые, как считается, сильно препятствуют связыванию Cas9 (основания, которые очень близки к последовательности PAM. ).

    Как мы отмечаем в нашем ответе рецензенту 2 (пункт 3a), существует компромисс при установке размера окна обнаружения между фиксацией мутационного разнообразия и исключением ошибок секвенирования.

    Мы непосредственно количественно оценили частоту ошибок ПЦР / секвенирования у мух, не несущих Cas9 (показано как «нецелевое» в дополнительной таблице 1 в дополнительном файле 1). Для цели FAST этот показатель составляет 1%, по сравнению с целевым мутагенезом CRISPR 87% у эмбрионов и 92% у взрослых.

    Мы изменили следующий текст в разделе «Результаты», чтобы сделать его более явным: «Как и ожидалось, мишень, которая имеет полную комплементарность с sgRNA Emx1.6 (мишень 16, названная мишенью« FAST »), показала самую высокую скорость мутации; исправив ошибки секвенирования (~ 1% контрольных мишеней имеют различия из-за ошибок ПЦР или секвенирования, дополнительный файл 1), мы обнаружили, что 87% мишеней несли мутации в конце эмбриогенеза.”

    6) Также расположение праймера (рис. 4) не позволяет найти делеции, которые простираются ниже по ходу в последовательности PAM. Это исключает обнаружение мутаций, которые простираются на 3 фута вырезанной площадки, и снижает разнообразие наблюдаемых вами редактирований. Это серьезная ошибка, которая также может повлиять на результаты FAST, выходящие за рамки цели.

    Как указано в нашем ответе рецензенту 2 (пункт 3b), на рисунке 4 была ошибка, которую мы сейчас исправили. Мишени были амплифицированы и секвенированы с использованием праймеров, расположенных на расстоянии> 40 нуклеотидов от каждого сайта-мишени, поэтому мы смогли найти все делеции, а не только те, которые находятся в окне 9 пар оснований.

    7) Было показано, что частота очень больших делеций уменьшается с увеличением расстояния между двумя сайтами (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/243). стоило бы включить в моделирование отсева или, по крайней мере, упомянуть альтернативную модель с уменьшающейся эффективностью отсева на больших расстояниях.

    Действительно, помимо скорости расщепления CRISPR, на частоту выпадения будет влиять взаимодействие нескольких параметров, таких как расстояние между участками разреза, скорость восстановления и т. Д.В настоящее время трудно предсказать, как эти параметры влияют на процент отсева, и, вероятно, они будут варьироваться в зависимости от вида и типа клеток. Данные, представленные в цитируемой статье, относятся к вариациям в скорости делеции на больших расстояниях (несколько т.п.н.) в клетках млекопитающих. Это не кажется особенно актуальным для моделируемых нами регистраторов CRISPR, которые намного меньше по размеру (расстояния между целями 100 п.о. для наших целевых массивов FAST и 26 п.н. для GESTALT).

    Поскольку показатели отсева трудно предсказать, наш анализ 32 целей охватывал два условия: сценарий наилучшего случая без отсева и сценарий наихудшего случая с отсевами для каждого прогнозируемого двойного расщепления.Для GESTALT наихудший сценарий резюмирует имеющиеся экспериментальные данные.

    8) Было бы хорошо охарактеризовать точность деревьев с разрушенным генотипом (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29474671), которые направлены на уменьшение количества ложных точек ветвления (точек ветвления, вводимых требование раздвоения дерева, а не мутации).

    Это интересная идея и одна из нескольких, которые заслуживают рассмотрения в будущем для точной реконструкции данных о происхождении, но мы чувствуем, что это выходит за рамки данной рукописи.

    9) В разделе моделирования SOLiD (для рисунка 7) неясно, какая последовательность будет использоваться для праймера и как часто эта связывающая последовательность будет блокироваться делециями в ее целевой последовательности. Некоторые подробности здесь были бы полезны.

    В наших симуляциях SOLiD мы предположили, что праймер секвенирования никогда не будет потерян в результате мутации, поэтому наше моделирование представляет собой лучший сценарий. Чтобы минимизировать гомоплазию при захвате одного или двух прочтений SOLiD, мы обнаружили, что праймер должен быть оптимально размещен на 3 ’мишени, перекрывая PAM.

    Этот эксперимент моделирует дополнительные ограничения, накладываемые существующей технологией для секвенирования на месте, и подчеркивает необходимость учета факторов, которые могут повлиять на количество и качество информации, исходящей из эксперимента.

    Мы прояснили эксперимент SOLiD, добавив следующие предложения в раздел «Материалы и методы»: «Для моделирования секвенирования SOLiD мы использовали реальное распределение динуклеотидов, наблюдаемое в положениях 6-7 и 11-12 перед PAM.Мы преобразовали их в четыре различных цветовых состояния для каждого динуклеотида в соответствии с протоколом SOLiD (рисунок 7 - приложение к рисунку 1) ».

    Незначительные комментарии:

    Четвертое предложение реферата, вероятно, должно говорить о подходах (вы указываете как минимум два).

    Изменено на «Здесь мы используем компьютерное моделирование для оценки эффективности этих подходов в различных условиях».

    Abstract: не все терминальные ветви являются полностью дифференцированными клетками.

    Изменено на «Деления, которые генерируют эти взрослые клетки, составляют генеалогическое дерево с оплодотворенной яйцеклеткой в ​​его корне и каждой взрослой клеткой в ​​качестве конечной ветви».

    Введение, абзац второй: вероятно, есть лучшая фаза, чем «простые дела» (это были довольно трудные усилия, о которых вы упоминаете далее).

    Изменено на «Получение клонов с высоким разрешением (на уровне одной клетки) - сложная задача, которая была решена только на животных с относительно небольшим количеством клеток, таких как нематода Caenorhabditis elegans : ее полная линия (~ 1000 клеток) была установлена кропотливое наблюдение за каждым делением клетки под микроскопом.”

    Вступительный абзац восьмой немного резок. Конечно, моделирование будет информировать будущие синтетические регистрирующие системы, но допущения и упрощения моделирования могут помешать нахождению оптимального решения без более точной биологической проверки.

    Изменено на «В конечном счете, это моделирование поможет нам установить набор критериев для оптимальной конструкции регистраторов клональных линий на основе CRISPR, а также понять ограничения этих методов при решении реальных биологических вопросов.”

    Подраздел «Оптимизация реконструкции клеточного клона для секвенирования in situ с 2-, 4- или 16-символьными состояниями», абзац девятый: не должно быть «удвоение числа считываний на цель» должно быть «удвоением длины считывания» или «удвоением количества циклов» ?

    Изменено на «Очевидно, что увеличение количества мишеней улучшит производительность, но мы хотели знать, не лучше ли вместо этого читать удвоенное количество нуклеотидов на мишень, что представляет собой те же усилия по секвенированию.”

    Действительно красивые рисунки на протяжении всего дополнения, но самое незначительное изменение, добавление «+ theme_classic ()» или аналогичное к команде R для рисунка 2 - приложение к рисунку 1.

    Comments |0|

    Legend *) Required fields are marked
    **) You may use these HTML tags and attributes: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <s> <strike> <strong>
    Category: Разное